Sezóna | Kolo | Stát | Klub | Skóre | Střelci branek |
1976/77 | 1. kolo | | SFD Akademik Sofija | 2:3 (2:0, 0:3 po prodl.) | Peter Herda, Dušan Radolský |
1977/78 | 1. kolo | | Royal Standard Liège | 3:3 (0:1, 3:2) | František Veselý, Zbyněk Hotový, Karel Nachtman |
1985/86 | 1. kolo | | St. Mirren FC | 1:3 (1:0, 0:3 po prodl.) | Miroslav Kouřil |
1992/93 | 1. kolo | | Heart of Midlothian FC | 3:4 (1:0, 2:4) | Vladimir Tatarčuk, Jaroslav Šilhavý, Pavel Kuka |
1993/94 | 1. kolo | | OFI Kréta | 1:2 (1:1, 0:1) | Patrik Berger |
1994/95 | předkolo | | Cork City FC | 6:0 (2:0, 4:0) | Vladimír Šmicer, Jan Suchopárek, Roman Hogen, Jiří Vávra, Patrik Berger |
| 1. kolo | | AIK Stockholm | 2:2 (0:0, 2:2) | Jan Suchopárek, Radek Bejbl |
1995/96 | předkolo | | SK Sturm Graz | 2:1 (1:0, 1:1) | Radek Bejbl, Martin Hyský |
| 1. kolo | | SC Freiburg | 2:1 (2:1, 0:0) | Pavel Novotný, Martin Pěnička |
| 2. kolo | | FC Lugano | 3:1 (2:1, 1:0) | Robert Vágner, Martin Pěnička, Vladimír Šmicer |
| 3. kolo | | RC Lens | 1:0 (0:0, 1:0 po prodl.) | Karel Poborský |
| čtvrtfinále | | AS Řím | 3:3 (2:0, 1:3 po prodl.) | Karel Poborský, Robert Vágner, Jiří Vávra |
| semifinále | | Girondins Bordeaux | 0:2 (0:1, 0:1) | |
1996/97 | 1. kolo | | Malmö FF | 5:2 (2:1, 3:1) | Slađan Ašanin, ![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/ec/Soccer_ball.svg/15px-Soccer_ball.svg.png) Robert Vágner, Martin Pěnička, Pavel Horváth |
| 2. kolo | | Valencia CF | 0:1 (0:0, 0:1) | |
1998/99 | 2. předkolo | | FK Inter Bratislava | 4:2 (4:0, 0:2) | ![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/ec/Soccer_ball.svg/15px-Soccer_ball.svg.png) Robert Vágner, Luboš Kozel, Jiří Skála |
| 1. kolo | | FC Schalke 04 | 1:1 (0:1, 1:0 po prodl., 5:4 pen.) | Richard Dostálek |
| 2. kolo | | Bologna FC | 1:4 (1:2, 0:2) | Richard Dostálek |
1999/00 | 1. kolo | | FK Vojvodina Novi Sad | 3:2 (0:0, 3:2) | Adam Petrouš, Tomáš Došek, Luděk Zelenka |
| 2. kolo | | Grasshopper Club Zürich | 3:2 (3:1, 0:1) | ![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/ec/Soccer_ball.svg/15px-Soccer_ball.svg.png) Ivo Ulich, Tomáš Kuchař |
| 3. kolo | | Steaua Bukurešť | 5:2 (4:1, 1:1) | ![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/ec/Soccer_ball.svg/15px-Soccer_ball.svg.png) Richard Dostálek, Tomáš Došek, Pavel Horváth |
| osmifinále | | Udinese Calcio | 2:2 (1:0, 1:2) | vlastní Marco Zanchi, Libor Koller |
| čtvrtfinále | | Leeds United AFC | 2:4 (0:3, 2:1) | ![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/ec/Soccer_ball.svg/15px-Soccer_ball.svg.png) Ivo Ulich |
2000/01 | 1. kolo | | AB Kodaň | 5:0 (3:0, 2:0) | ![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/ec/Soccer_ball.svg/15px-Soccer_ball.svg.png) Tomáš Kuchař, ![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/ec/Soccer_ball.svg/15px-Soccer_ball.svg.png) Tomáš Došek, Richard Dostálek |
| 2. kolo | | OFI Kréta | 6:3 (2:2, 4:1) | Radim Nečas, Karel Rada, ![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/ec/Soccer_ball.svg/15px-Soccer_ball.svg.png) Luděk Zelenka, Tomáš Kuchař, vlastní |
| 3. kolo | | NK Osijek | 5:3 (0:2, 5:1) | ![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/ec/Soccer_ball.svg/15px-Soccer_ball.svg.png) Tomáš Došek, ![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/ec/Soccer_ball.svg/15px-Soccer_ball.svg.png) Luděk Zelenka, Tomáš Kuchař |
| 4. kolo | | 1. FC Kaiserslautern | 0:1 (0:0, 0:1) | |
2001/02 | 1. kolo | | Servette FC | 1:2 (0:1, 1:1) | Adam Petrouš |
2002/03 | 1. kolo | | RE Mouscron | 7:3 (2:2, 5:1) | ![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/ec/Soccer_ball.svg/15px-Soccer_ball.svg.png) Štěpán Vachoušek, Adam Petrouš, ![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/ec/Soccer_ball.svg/15px-Soccer_ball.svg.png) Tomáš Došek, Patrik Gedeon, Evandro Adauto da Silva |
| 2. kolo | | Partizan Bělehrad | 6:4 (1:3, 5:1 po prodl.) | Richard Dostálek, ![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/ec/Soccer_ball.svg/15px-Soccer_ball.svg.png) Štěpán Vachoušek, Adam Petrouš, Patrik Gedeon, Evandro Adauto da Silva |
| 3. kolo | | PAOK Soluň | 4:1 (0:1, 4:0) | ![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/ec/Soccer_ball.svg/15px-Soccer_ball.svg.png) Pavel Kuka, Rudolf Skácel, Štěpán Vachoušek |
| 4. kolo | | Beşiktaş JK | 3:4 (1:0, 2:4) | Tomáš Došek, Richard Dostálek, Tomáš Hrdlička |
2003/04 | 1. kolo | | FK Smederevo | 4:2 (2:1, 2:1) | Tomáš Došek, Radek Bejbl, Richard Dostálek, Evandro Adauto da Silva |
| 2. kolo | | PFK Levski Sofia | 2:2 (2:2, 0:0) | Pavel Kuka, Pavel Fořt |
2004/05 | 2. předkolo | | FC Dinamo Tbilisi | 3:3 (3:1, 0:2) | Evandro Adauto da Silva, Karel Piták, David Kalivoda |
2005/06 | 1. kolo | | Cork City FC | 4:1 (2:0, 2:1) | Tomáš Hrdlička, Karel Piták, Stanislav Vlček |
| 2. kolo (skupina A) | | PFK CSKA Sofia | 4:2 | ![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/ec/Soccer_ball.svg/15px-Soccer_ball.svg.png) Pavel Fořt, Stanislav Vlček Karel Piták |
| 2. kolo (skupina A) | | Viking FK | 2:2 | Stanislav Vlček Karel Piták |
| 2. kolo (skupina A) | | AS Monaco FC | 0:2 | |
| 2. kolo (skupina A) | | Hamburger SV | 0:2 | |
| 3. kolo | | US Città di Palermo | 2:2 (2:1, 0:1) | Lukáš Jarolím, vlastní Andrea Barzagli |
2006/07 | 2. předkolo | | Karvan İK | 2:0 (2:0, 0:0) | Tomáš Hrdlička, Pavel Fořt |
| 1. kolo | | Tottenham Hotspur FC | 0:2 (0:1, 0:1) | |
2007/08 | 3. kolo | | Tottenham Hotspur FC | 2:3 (1:2, 1:1) | David Střihavka, Matej Krajčík |
2008/09 | 1. kolo | | FC Vaslui | 1:1 (0:0, 1:1) | Erich Brabec |
| 2. kolo (skupina F) | | Aston Villa FC | 0:1 | |
| 2. kolo (skupina F) | | MŠK Žilina | 0:0 | |
| 2. kolo (skupina F) | | Hamburger SV | 0:2 | |
| 2. kolo (skupina F) | | AFC Ajax | 2:2 | Jaroslav Černý, vlastní Van der Wiel |
2009/10 | 4. předkolo | | FK Crvena zvezda | 4:2 (3:0, 1:2) | Zdeněk Šenkeřík, Stanislav Vlček |
| základní skupina – B | | Valencia CF | 3:3 (1:1, 2:2) | Riste Naumov, Peter Grajciar, Petr Janda |
| základní skupina – B | | Lille OSC | 2:8 (1:5, 1:3) | Tijani Belaid, Stanislav Vlček |
| základní skupina – B | | FC Janov | 0:2 (0:2, 0:0) | |
2016/17 | 2. předkolo | | FC Levadia Tallinn | 3:3 (1:3, 2:0) | Muris Mešanović, Milan Škoda, Gino van Kessel |
| 3. předkolo | | Rio Ave FC | 1:1 (0:0, 1:1) | Josef Hušbauer |
| 4. předkolo | | RSC Anderlecht | 0:6 (0:3, 0:3) | |
2017/18 | základní skupina - A | | Maccabi Tel Aviv FC | 3:0 (1:0, 2:0) | Tomáš Necid, Josef Hušbauer |
| základní skupina - A | | Villareal | 2:4 (2:2, 0:2) | Tomáš Necid Danny |
| základní skupina - A | | FC Astana | 1:2 (1:1, 0:1) | Michael Ngadeu-Ngadjui |
2018/19 | základní skupina - C | | Girondins Bordeaux | 1:2 (1:0, 0:2) | Jaromír Zmrhal |
| základní skupina - C | | Zenit Petrohrad | 2:1 (0:1, 2:0) | Jaromír Zmrhal, Miroslav Stoch |
| základní skupina - C | | FC Kodaň | 1:0 (1:0, 0:0) | Jan Matoušek |
| 1/16finále | | KRC Genk | 4:1 (0:0, 4:1) | ![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/ec/Soccer_ball.svg/15px-Soccer_ball.svg.png) Milan Škoda Vladimír Coufal Ibrahim Traoré |
| 1/8finále | | FC Sevilla | 6:5 (2:2, 4:3p.) | Michael Ngadeu-Ngadjui Tomáš Souček Mick van Buren Ibrahim Traoré Alex Král Miroslav Stoch |
| 1/4finále | | Chelsea FC | 3:5 (0:1, 3:4) | Tomáš Souček Petr Ševčík |
2020/21 | základní skupina - C | | Hapoel Beer Ševa FC | 4:3 (1:3, 3:0) | Lukáš Provod Abdallah Sima Nicolae Stanciu vlastní Twito |
| základní skupina - C | | Bayer 04 Leverkusen | 1:4 (1:0, 0:4) | Peter Olayinka |
| základní skupina - A | | OGC Nice | 6:3 (3:2, 3:1) | Jan Kuchta Abdallah Sima Ondřej Lingr Peter Olayinka |
| 1/16finále | | Leicester City FC | 2:0 (0:0, 2:0) | Lukáš Provod Abdallah Sima |
| 1/8finále | | Rangers FC | 3:1 (1:1, 2:0) | Nicolae Stanciu Peter Olayinka |
| 1/4finále | | Arsenal FC | 1:5 (1:1, 0:4) | Tomáš Holeš |
2021/22 | 4. předkolo | | Legia Warszawa | 3:4 (2:2, 1:2) | Lukáš Masopust, Alexander Bah Ubong Ekpai |
2023/24 | 3. předkolo | | SK Dnipro-1 | 4:1 (3:0, 1:1) | Ivan Schranz Conrad Wallem Václav Jurečka |
| 4. předkolo | | FK Zorja Luhansk | 3:2 (2:0, 1:2) | Mohamed Tijani Lukáš Masopust Matěj Jurásek |
| základní skupina - G | | Servette FC | 6:0 (2:0, 4:0) | Lukáš Masopust Igoh Ogbu David Douděra Ivan Schranz Mojmír Chytil |
| základní skupina - G | | Šerif Tiraspol | 9:2 (6:0, 3:2) | Mojmír Chytil Igoh Ogbu Ivan Schranz David Douděra vlastní Garananga Václav Jurečka Christos Zafeiris Mohamed Tijani |
| základní skupina - G | | AS Řím | 2:2 (0:2, 2:0) | Václav Jurečka Lukáš Masopust |
| 1/8finále | | AC Milán | 3:7 (2:4, 1:3) | David Douděra Ivan Schranz Matěj Jurásek |
2021/22 | Ligová fáze | | PFK Ludogorec Razgrad (venku) | : | |
| Ligová fáze | | AFC Ajax (doma) | : | |
| Ligová fáze | | Athletic Bilbao (venku) | : | |
| Ligová fáze | | Eintracht Frankfurt (venku) | : | |
| Ligová fáze | | Fenerbahçe SK (doma) | : | |
| Ligová fáze | | RSC Anderlecht (doma) | : | |
| Ligová fáze | | PAOK Soluň (venku) | : | |
| Ligová fáze | | Malmö FF (doma) | : | |