Die Thermodesulfobacteriota sind in der herkömmlichen Taxonomoie ein Phylum[2] (Stamm, Abteilung, englisch division) thermophiler Sulfat-reduzierender (desulfurizierender) Bakterien.[3][4]
Er ist eine der ältesten Phyla des Bereichs Bakterien, wobei die neue Bezeichnung Thermodesulfobacteriota den alten Namen Thermodesulfobacteria (der auch die Klasse bezeichnet) ersetzt. Das Phylum beinhaltet anaerobe thermophile Bakterien, die sowohl aus heißen Quellen auf der Erde als auch aus hydrothermalen Schloten im Meer isoliert wurden. Sie sind in der Regel bazillusförmig (d. h. kleine Stäbchen) und wachsen einzeln, paarweise oder in kurzen Ketten. Es gibt sowohl bewegliche als auch unbewegliche Arten.[1]
Im Jahr 2008 wurde ein pathogener intrazellulärer Vertreter (Lawsonia intracellularis, Ordnung Desulfovibrionales) der Thermodesulfobakteriota identifiziert.[5]
In neueren Taxonomien wurde vorgeschlagen,[6] das Phylum um bislang der Klasse Deltaproteobacteria zugeordnete Desulfurizierer zu erweitern.[7] Das daraus entstandene umfangreichere Phylum wird gelegentlich dann auch als Desulfobacterota bezeichnet[8][7] (da dann auch nicht-thermophile Vertreter eingeschlossen sind).
Inhaltsverzeichnis
1Systematik
1.1Synonyme
1.2Liste
2Phylogenie
3Siehe auch
4Anmerkungen
5Einzelnachweise
Systematik
Derzeit (Stand 12. Januar 2024) besteht noch kein Konsensus über den Umfang des Phylums und die Stellung zu den Deltaproteobacteria (inklusive Candidatus Lambdaproteobacteria).
Zum Phylum Thermodesulfobacteriota gehört von Haus aus die Klasse Thermodesulfobacteria (mit Schreibvariante Thermodesulfobacteriia).
Für die folgende Systematik wurden als Quellen benutzt:
In der Taxonomie National Center for Biotechnology Information (NCBI) treten die herkömmlich der Klasse Deltaproteobacteria zugeordneten Desulfurizierer-Ordnungen ebenfalls zu diesem Phylum[A. 2] hinzu. Das so erweiterte Phylum Thermodesulfobacteria wird dann gelegentlich als Desulfobacterota bezeichnet, da es dann nur Desulfurizierer, aber nicht nur thermophile Desulfurizierer enthält.[7]
G – GTDB
In der Genome Taxonomy Database (GTDB) gibt es dann von diesen Desulfobacterota wieder einige kleinere Abspaltungen, die dort provisorisch als Desulfobacterota_B bis Desulfobacterota_G bezeichnet werden,[8] für die aber bereits wieder eigene Bezeichnungen vorgeschlagen wurden (s. u.).
Die folgende Liste umfasst mit Stand 17. Januar 2024 die nach der Taxonomie des NCBI unter den Thermodesulfobacteriota (synonym Desulfobacterota) zusammengefassten Mitglieder (Klassen), zeigt aber transparent die Abspaltungen Desulfobacterota_B bis Desulfobacterota_G gemäß GTDB; in der NCBI-Taxonomie gehören diese alle zu den Desulfobacterota alias Thermodesulfobacteriota. In der LPSN bestehen dagegen die Thermodesulfobacteriota nur aus ihrer ursprünglichen Klasse Thermodesulfobacteria; die anderen in der NCBI-Taxonomie gelisteten Ordnungen gehören dort zur Klasse Deltaproteobacteria (die Klassen sind daher Synonyme der Deltaproteobacteria). Synonyme sind in eckigen Klammern angegeben.
Die auf 120 Einzelkopie-Markerproteinen basierende Phylogenie der GTDB, Stand 08-RS214, stellt diese Gruppen in einen größeren Zusammenhang und ordnet sie sehr weit verstandenen Deltaproteobacteria (δ-Proteobacterias. .)[A. 10] zu, die auch alle herkömmlichen Deltaproteobacteria und Ca. Lambdaproteobacteria[21][22] umfassen. Zu diesen gehören danach auch die GTDB-Abspaltungen Desulfobacterota Desulfobacterota_B, Desulfobacterota_C, Desulfobacterota_E und Desulfobacterota_F.
Dieser phylogenetisch Baum hat neben den „δ-Proteobacterias. l.“ einen zweiten großen Ast. Dieser enthält mit dem vorgeschlagenen Reich (Superphylum) „Aquificida“,[23] die Linien Desulfobacterota_D, Desulfobacterota_G und die ε-Proteobacteria. Dazu kommen die Nitrospirota und die restlichen Pseudomonadota (ohne δ-, ε- und λ-Proteobacteria).[24]
↑In der LPSN wird im Phylum Thermodesulfobacteriota außer der Klassen Thermodesulfobacteria allenfalls noch die Gattung Thermosulfuriphilus (incertae sedis) eingruppiert. In der Taxonomie des NCBI und der GTDB gehört diese Gattung aber bereits direkt zur Familie Thermodesulfobacteriaceae innerhalb der Thermodesulfobacteria-Ordnung Thermodesulfobacteriales.
↑ abc(damals noch) keine offiziell gültige Veröffentlichung
↑Die Desulfobacterota alias Thermodesulfobacteriota sind das überkommene Phylum der Klasse Thermodesulfobacteria,[10] dem die genannten Ordnungen der Deltaproteobakterien in der Taxonomie des NCBI und der GTDB zugeschlagen wurden. In der Folge dieser Reorganisation umfasst dort das Phylum Desulfobacterota (syn. Thermodesulfobacteriota) die überkommene Klasse Thermodesulfobacteria, sowie die unter den bisherigen Deltaproteobacteria identifizierten Sulfatreduzierer (englischsulfate reducing bacteria, SRB; bzw. sulfate reducing prokaryotes, SRP oder sulfate/sulfite-reducing microorganisms, SRM).[11][12]
↑ abcdefghijDiese Klasse ist in der LPSN ein Synonym für die Klasse Deltaproteobacteria, ihre Mitgliedsordnung(en) sind dort dieser Klasse untergeordnet.
↑Die DSM-4660-Gruppe ist nach der DTDB eine eigene Klasse, in der LPSN und der NCBI-Taxonomie ist sie in der Ordnung Desulfobacterales bzw. Klasse Desulfobacteria enthalten.
↑Die Ordnung Desulfatiglandales ist in der NCBI-Taxonomie Mitglied der Klasse Desulfobacteria, in der LPSN sogar ein Synonym für die Ordnung Desulfobacterales alias Desulfobulbales innerhalb der Desulfobacteria
↑Die Ordnung Desulfobulbales ist in der LPSN ein Synonym für Desulfobacterales
↑Ca. Zymogenia gehört in der LPSN als Klasse zum Phylum Pseudomonadota (Proteobakterien), in der NCBI-Taxonomie als Unterklasse zur Pseudomonadota-Klasse Deltaproteobacteria.
↑die taxonomische Rangstufen dieser „δ-Proteobacterias. l.“ wäre dann oberhalb der eines Phylums
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