巨勢 卓軒(こせ たくけん、? - 元禄14年7月23日(1701年8月26日))は、江戸時代の儒学者。父は京都大工頭の中井正純、祖父は同正清。名は正徳、字に子映、号を卓軒、直幹など、通称が彦仙(げんせん)。山城国(京都府)出身。
仏教僧から還俗し熊沢蕃山に陽明学を学び、崇神排仏を唱えたという。