Allsvenskan i handboll för herrar 1999 spelades våren 1999, säsongen 1998/1999. De fyra bästa lagen i Norra och fyra bästa lagen Södra Division 1, samt de fyra sämsta lagen i Elitserien under hösten samma säsong deltog. Lagen har med sig poängen från höstens seriespel.
Tabell
Not: Lag 1-2 till åttondelsfinal i SM-slutspelet, lag 3-8 till Kvalspelet till Elitserien, lag 9-12 till Division 1.
| Nr | Lag | S | V | O | F | GM | IM | MS | P |
|---|
| 1 | Lugi HF | 16 | 14 | 0 | 2 | 459 | 385 | +74 | 28 |
| 2 | GIK Wasaiterna | 16 | 13 | 0 | 3 | 413 | 350 | +63 | 26 |
| 3 | IFK Tumba | 16 | 12 | 1 | 3 | 414 | 325 | +89 | 25 |
| 4 | H 43 Lund | 16 | 9 | 2 | 5 | 372 | 352 | +20 | 20 |
| 5 | HP Warta | 16 | 9 | 1 | 6 | 395 | 366 | +29 | 19 |
| 6 | Polisen/Söder | 16 | 9 | 0 | 7 | 390 | 347 | +43 | 18 |
| 7 | Ystads IF | 16 | 8 | 1 | 7 | 368 | 347 | +21 | 17 |
| 8 | Olympic/Viking HK | 16 | 5 | 2 | 9 | 378 | 404 | −26 | 12 |
| 9 | Västra Frölunda IF | 16 | 4 | 3 | 9 | 374 | 427 | −53 | 11 |
| 10 | Irsta HF | 16 | 3 | 0 | 13 | 331 | 402 | −71 | 6 |
| 11 | Lindeskolans IF | 16 | 2 | 1 | 13 | 375 | 462 | −87 | 5 |
| 12 | Tyresö IF | 16 | 1 | 3 | 12 | 365 | 467 | −102 | 5 |
