CIRBP

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1X5S

Ідентифікатори

Символи

CIRBP, CIRP, cold inducible RNA binding protein

Зовнішні ІД

OMIM: 602649 MGI: 893588 HomoloGene: 980 GeneCards: CIRBP

Онтологія гена
Молекулярна функція	• translation repressor activity • nucleic acid binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • small ribosomal subunit rRNA binding • mRNA 3'-UTR binding • RNA binding • poly(U) RNA binding
Клітинна компонента	• цитоплазма • cytoplasmic stress granule • ядерце • клітинне ядро • нуклеоплазма • spliceosomal complex • Рибонуклеопротеїни
Біологічний процес	• stress granule assembly • response to cold • mRNA stabilization • response to UV • positive regulation of translation • negative regulation of translation • positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


1153


12696

Ensembl


ENSG00000099622


ENSMUSG00000045193

UniProt


Q14011 Q53XX5


P60824

RefSeq (мРНК)


NM_001280 NM_001300815 NM_001300829


NM_007705

RefSeq (білок)


NP_001271 NP_001287744 NP_001287758 NP_001271.1

NP_031731 NP_001366350 NP_001366351 NP_001366352 NP_001366353
NP_001366354

Локус (UCSC)

Хр. 19: 1.26 – 1.27 Mb

Хр. 10: 80.17 – 80.17 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

CIRBP (англ. Cold inducible RNA binding protein) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 172 амінокислот, а молекулярна маса — 18 648^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MASDEGKLFV	GGLSFDTNEQ	SLEQVFSKYG	QISEVVVVKD	RETQRSRGFG
FVTFENIDDA	KDAMMAMNGK	SVDGRQIRVD	QAGKSSDNRS	RGYRGGSAGG
RGFFRGGRGR	GRGFSRGGGD	RGYGGNRFES	RSGGYGGSRD	YYSSRSQSGG
YSDRSSGGSY	RDSYDSYATH	NE

A: Аланін
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, активаторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як відповідь на стрес, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Yang C., Carrier F. (2001). The UV-inducible RNA-binding protein A18 (A18 hnRNP) plays a protective role in the genotoxic stress response. J. Biol. Chem. 276: 47277—47284. PMID 11574538 DOI:10.1074/jbc.M105396200
Yang R., Weber D.J., Carrier F. (2006). Post-transcriptional regulation of thioredoxin by the stress inducible heterogeneous ribonucleoprotein A18. Nucleic Acids Res. 34: 1224—1236. PMID 16513844 DOI:10.1093/nar/gkj519

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:1982 (англ.) . Архів оригіналу за 8 вересня 2015. Процитовано 12 вересня 2017.
↑ UniProt, Q14011 (англ.) . Архів оригіналу за 17 вересня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.