DDX5

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
3FE2, 4A4D

Ідентифікатори

Символи

DDX5, G17P1, HLR1, HUMP68, p68, DEAD-box helicase 5

Зовнішні ІД

OMIM: 180630 MGI: 105037 HomoloGene: 6797 GeneCards: DDX5

Онтологія гена
Молекулярна функція	• nucleotide binding • GO:0008026 helicase activity • calcium-dependent protein binding • calmodulin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • androgen receptor binding • nucleic acid binding • enzyme binding • pre-mRNA binding • hydrolase activity • ATP binding • RNA helicase activity • RNA binding • mRNA 3'-UTR binding • ribonucleoprotein complex binding • promoter-specific chromatin binding • MH2 domain binding • SMAD binding • R-SMAD binding • primary miRNA binding • GO:0001104 transcription coregulator activity
Клітинна компонента	• catalytic step 2 spliceosome • мембрана • ядерце • spliceosomal complex • екзосома • клітинне ядро • GO:0005578 Позаклітинна матриця • нуклеоплазма • SMAD protein complex • цитоплазма • Рибонуклеопротеїни
Біологічний процес	• regulation of skeletal muscle cell differentiation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • ритмічний процес • regulation of viral genome replication • mRNA processing • mRNA transcription • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • cell growth • regulation of osteoblast differentiation • RNA secondary structure unwinding • intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator • Сплайсинг РНК • regulation of androgen receptor signaling pathway • positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator • mRNA splicing, via spliceosome • regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome • nuclear-transcribed mRNA catabolic process • Альтернативний сплайсинг • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • intracellular estrogen receptor signaling pathway • androgen receptor signaling pathway • Епітеліально-мезенхімальний перехід • myoblast differentiation • pri-miRNA transcription by RNA polymerase II • BMP signaling pathway • regulation of pri-miRNA transcription by RNA polymerase II • positive regulation of production of miRNAs involved in gene silencing by miRNA
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


1655


13207

Ensembl


ENSG00000108654


ENSMUSG00000020719

UniProt


P17844


Q61656

RefSeq (мРНК)


NM_004396 NM_001320595 NM_001320596 NM_001320597


NM_007840 NM_001355676 NM_001355677

RefSeq (білок)


NP_001307524 NP_001307525 NP_001307526 NP_004387


н/д

Локус (UCSC)

Хр. 17: 64.5 – 64.51 Mb

Хр. 11: 106.67 – 106.68 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

DDX5 (англ. DEAD-box helicase 5) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 614 амінокислот, а молекулярна маса — 69 148^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSGYSSDRDR	GRDRGFGAPR	FGGSRAGPLS	GKKFGNPGEK	LVKKKWNLDE
LPKFEKNFYQ	EHPDLARRTA	QEVETYRRSK	EITVRGHNCP	KPVLNFYEAN
FPANVMDVIA	RQNFTEPTAI	QAQGWPVALS	GLDMVGVAQT	GSGKTLSYLL
PAIVHINHQP	FLERGDGPIC	LVLAPTRELA	QQVQQVAAEY	CRACRLKSTC
IYGGAPKGPQ	IRDLERGVEI	CIATPGRLID	FLECGKTNLR	RTTYLVLDEA
DRMLDMGFEP	QIRKIVDQIR	PDRQTLMWSA	TWPKEVRQLA	EDFLKDYIHI
NIGALELSAN	HNILQIVDVC	HDVEKDEKLI	RLMEEIMSEK	ENKTIVFVET
KRRCDELTRK	MRRDGWPAMG	IHGDKSQQER	DWVLNEFKHG	KAPILIATDV
ASRGLDVEDV	KFVINYDYPN	SSEDYIHRIG	RTARSTKTGT	AYTFFTPNNI
KQVSDLISVL	REANQAINPK	LLQLVEDRGS	GRSRGRGGMK	DDRRDRYSAG
KRGGFNTFRD	RENYDRGYSS	LLKRDFGAKT	QNGVYSAANY	TNGSFGSNFV
SAGIQTSFRT	GNPTGTYQNG	YDSTQQYGSN	VPNMHNGMNQ	QAYAYPATAA
APMIGYPMPT	GYSQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, РНК. Локалізований у ядрі.

Література

Hloch P., Stahl H. (1990). Complete cDNA sequence of the human p68 protein. Nucleic Acids Res. 18: 3045—3045. PMID 2349099 DOI:10.1093/nar/18.10.3045
Roessler O.G., Hloch P., Schutz N., Weitzenegger T., Stahl H. (2000). Structure and expression of the human p68 RNA helicase gene. Nucleic Acids Res. 28: 932—939. PMID 10648785 DOI:10.1093/nar/28.4.932
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Ford M.J., Anton I.A., Lane D.P. (1988). Nuclear protein with sequence homology to translation initiation factor eIF-4A. Nature. 332: 736—738. PMID 2451786 DOI:10.1038/332736a0
Nicol S.M., Causevic M., Prescott A.R., Fuller-Pace F.V. (2000). The nuclear DEAD box RNA helicase p68 interacts with the nucleolar protein fibrillarin and colocalizes specifically in nascent nucleoli during telophase. Exp. Cell Res. 257: 272—280. PMID 10837141 DOI:10.1006/excr.2000.4886
Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2746 (англ.) . Архів оригіналу за 6 липня 2017. Процитовано 6 лютого 2017.
↑ UniProt, P17844 (англ.) . Архів оригіналу за 2 грудня 2016. Процитовано 6 лютого 2017.