H2AFX

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2D31, 2DYP, 3SHV, 3SQD, 3SZM, 1YDP, 2AZM, 3U3Z

Ідентифікатори

Символи

H2AX, H2A.X, H2A/X, H2A histone family member X, H2A.X variant histone, H2AFX

Зовнішні ІД

OMIM: 601772 MGI: 102688 HomoloGene: 134201 GeneCards: H2AX

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • GO:0031493 histone binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • protein heterodimerization activity • enzyme binding • damaged DNA binding
Клітинна компонента	• нуклеоплазма • хромосома • теломера • Нуклеосома • екзосома • nuclear speck • центросома • клітинне ядро • site of double-strand break • Хроматин • condensed nuclear chromosome • male germ cell nucleus • XY body • replication fork • site of DNA damage
Біологічний процес	• response to ionizing radiation • nucleosome assembly • DNA recombination • DNA damage checkpoint signaling • GO:1900404 positive regulation of DNA repair • cellular response to DNA damage stimulus • клітинне старіння • GO:0007126 мейоз • cellular response to gamma radiation • Сперматогенез • cerebral cortex development • клітинний цикл • GO:0022415 viral process • double-strand break repair via nonhomologous end joining • double-strand break repair • GO:0100026 Репарація ДНК • double-strand break repair via homologous recombination • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


3014


15270

Ensembl


ENSG00000188486


ENSMUSG00000049932

UniProt


P16104


P27661

RefSeq (мРНК)


NM_002105


NM_010436

RefSeq (білок)


NP_002096


NP_034566

Локус (UCSC)

Хр. 11: 119.09 – 119.1 Mb

Хр. 9: 44.25 – 44.25 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

H2AFX (англ. H2A histone family member X) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 11-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 143 амінокислот, а молекулярна маса — 15 145^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSGRGKTGGK	ARAKAKSRSS	RAGLQFPVGR	VHRLLRKGHY	AERVGAGAPV
YLAAVLEYLT	AEILELAGNA	ARDNKKTRII	PRHLQLAIRN	DEELNKLLGG
VTIAQGGVLP	NIQAVLLPKK	TSATVGPKAP	SGGKKATQAS	QEY

A: Аланін
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як взаємодія хазяїн-вірус, клітинний цикл, пошкодження ДНК, репарація ДНК, рекомбінація ДНК, мейоз, ацетилювання. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі, хромосомах.

Література

Mannironi C., Bonner W.M., Hatch C.L. (1989). H2A.X. a histone isoprotein with a conserved C-terminal sequence, is encoded by a novel mRNA with both DNA replication type and polyA 3' processing signals. Nucleic Acids Res. 17: 9113—9126. PMID 2587254 DOI:10.1093/nar/17.22.9113
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Rogakou E.P., Pilch D.R., Orr A.H., Ivanova V.S., Bonner W.M. (1998). DNA double-stranded breaks induce histone H2AX phosphorylation on serine 139. J. Biol. Chem. 273: 5858—5868. PMID 9488723 DOI:10.1074/jbc.273.10.5858
Rogakou E.P., Boon C., Redon C., Bonner W.M. (1999). Megabase chromatin domains involved in DNA double-strand breaks in vivo. J. Cell Biol. 146: 905—916. PMID 10477747 DOI:10.1083/jcb.146.5.905
Rogakou E.P., Nieves-Neira W., Boon C., Pommier Y., Bonner W.M. (2000). Initiation of DNA fragmentation during apoptosis induces phosphorylation of H2AX histone at serine 139. J. Biol. Chem. 275: 9390—9395. PMID 10734083 DOI:10.1074/jbc.275.13.9390
Ward I.M., Chen J. (2001). Histone H2AX is phosphorylated in an ATR-dependent manner in response to replicational stress. J. Biol. Chem. 276: 47759—47762. PMID 11673449 DOI:10.1074/jbc.C100569200

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:4739 (англ.) . Архів оригіналу за 17 жовтня 2015. Процитовано 8 вересня 2017.
↑ UniProt, P16104 (англ.) . Архів оригіналу за 18 вересня 2017. Процитовано 8 вересня 2017.