HDAC8

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1T64, 1T67, 1T69, 1VKG, 1W22, 2V5W, 2V5X, 3EW8, 3EWF, 3EZP, 3EZT, 3F06, 3F07, 3F0R, 3MZ3, 3MZ4, 3MZ6, 3MZ7, 3RQD, 3SFF, 3SFH, 4QA0, 4QA1, 4QA2, 4QA3, 4QA4, 4QA5, 4QA6, 4QA7, 4RN0, 4RN1, 4RN2, 5DC7, 5D1D, 5D1C, 5DC8, 5D1B, 5DC5, 5DC6, 5BWZ

Ідентифікатори

Символи

HDAC8, CDLS5, HD8, HDACL1, MRXS6, RPD3, WTS, CDA07, histone deacetylase 8, KDAC8

Зовнішні ІД

OMIM: 300269 MGI: 1917565 HomoloGene: 41274 GeneCards: HDAC8

Пов'язані генетичні захворювання

Cornelia de Lange syndrome^[1]

Реагує на сполуку

apicidin, belinostat, Масляна кислота, givinostat, panobinostat, quisinostat, resminostat, romidepsin, trichostatin A, золінза, entinostat, cudc-101, cudc-907, tacedinaline^[2]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• Hsp90 protein binding • NAD-dependent histone deacetylase activity (H3-K14 specific) • histone deacetylase activity • зв'язування з іоном металу • Hsp70 protein binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • hydrolase activity • chromatin binding • transcription factor binding • deacetylase activity
Клітинна компонента	• цитоплазма • histone deacetylase complex • гіалоплазма • клітинна мембрана • нуклеоплазма • nuclear chromosome • клітинне ядро
Біологічний процес	• histone H3 deacetylation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • regulation of protein stability • regulation of telomere maintenance • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • sister chromatid cohesion • regulation of cohesin loading • negative regulation of protein ubiquitination • histone deacetylation • negative regulation of gene expression • cellular response to trichostatin A • negative regulation of osteoblast differentiation • cellular response to forskolin • negative regulation of histone H3-K9 acetylation • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • histone H4 deacetylation
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


55869


70315

Ensembl


ENSG00000147099


ENSMUSG00000067567

UniProt


Q9BY41


Q8VH37

RefSeq (мРНК)

NM_001166418 NM_001166419 NM_001166420 NM_001166422 NM_001166448
NM_018486


NM_027382 NM_001313742

RefSeq (білок)

NP_001159890 NP_001159891 NP_001159892 NP_001159894 NP_001159920
NP_060956


NP_001300671 NP_081658

Локус (UCSC)

Хр. X: 72.33 – 72.57 Mb

Хр. X: 101.33 – 101.55 Mb

PubMed search

^[3]

^[4]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

HDAC8 (англ. Histone deacetylase 8) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на X-хромосомі.^[5] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 377 амінокислот, а молекулярна маса — 41 758^[6].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEEPEEPADS	GQSLVPVYIY	SPEYVSMCDS	LAKIPKRASM	VHSLIEAYAL
HKQMRIVKPK	VASMEEMATF	HTDAYLQHLQ	KVSQEGDDDH	PDSIEYGLGY
DCPATEGIFD	YAAAIGGATI	TAAQCLIDGM	CKVAINWSGG	WHHAKKDEAS
GFCYLNDAVL	GILRLRRKFE	RILYVDLDLH	HGDGVEDAFS	FTSKVMTVSL
HKFSPGFFPG	TGDVSDVGLG	KGRYYSVNVP	IQDGIQDEKY	YQICESVLKE
VYQAFNPKAV	VLQLGADTIA	GDPMCSFNMT	PVGIGKCLKY	ILQWQLATLI
LGGGGYNLAN	TARCWTYLTG	VILGKTLSSE	IPDHEFFTAY	GPDYVLEITP
SCRPDRNEPH	RIQQILNYIK	GNLKHVV

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, гідролаз, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Bonaldo M.F., Lennon G., Soares M.B. (1996). Normalization and subtraction: two approaches to facilitate gene discovery. Genome Res. 6: 791—806. PMID 8889548 DOI:10.1101/gr.6.9.791
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Durst K.L., Lutterbach B., Kummalue T., Friedman A.D., Hiebert S.W. (2003). The inv(16) fusion protein associates with corepressors via a smooth muscle myosin heavy-chain domain. Mol. Cell. Biol. 23: 607—619. PMID 12509458 DOI:10.1128/MCB.23.2.607-619.2003
Lee H., Rezai-Zadeh N., Seto E. (2004). Negative regulation of histone deacetylase 8 activity by cyclic AMP-dependent protein kinase A. Mol. Cell. Biol. 24: 765—773. PMID 14701748 DOI:10.1128/MCB.24.2.765-773.2004
Lee H., Sengupta N., Villagra A., Rezai-Zadeh N., Seto E. (2006). Histone deacetylase 8 safeguards the human ever-shorter telomeres 1B (hEST1B) protein from ubiquitin-mediated degradation. Mol. Cell. Biol. 26: 5259—5269. PMID 16809764 DOI:10.1128/MCB.01971-05
Dowling D.P., Gantt S.L., Gattis S.G., Fierke C.A., Christianson D.W. (2008). Structural studies of human histone deacetylase 8 and its site-specific variants complexed with substrate and inhibitors. Biochemistry. 47: 13554—13563. PMID 19053282 DOI:10.1021/bi801610c

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з HDAC8 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Сполуки, які фізично взаємодіють з Histone deacetylase 8 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:13315 (англ.) . Архів оригіналу за 17 жовтня 2015. Процитовано 13 вересня 2017.
↑ UniProt, Q9BY41 (англ.) . Архів оригіналу за 4 вересня 2017. Процитовано 13 вересня 2017.