HMG20B

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2CRJ

Ідентифікатори

Символи

HMG20B, BRAF25, BRAF35, HMGX2, HMGXB2, PP7706, SMARCE1r, SOXL, pp8857, high mobility group 20B

Зовнішні ІД

OMIM: 605535 MGI: 1341190 HomoloGene: 74949 GeneCards: HMG20B

Онтологія гена
Молекулярна функція	• protein heterodimerization activity • DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • histone deacetylase activity • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента	• клітинне ядро • нуклеоплазма • хромосома • ядерні тільця
Біологічний процес	• skeletal muscle cell differentiation • клітинний цикл • negative regulation of protein sumoylation • зсідання крові • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of neuron differentiation • transcription, DNA-templated • histone deacetylation • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


10362


15353

Ensembl


ENSG00000064961


ENSMUSG00000020232

UniProt


Q9P0W2


Q9Z104

RefSeq (мРНК)


NM_006339


NM_001163165 NM_001163166 NM_010440

RefSeq (білок)


NP_006330


NP_001156637 NP_001156638 NP_034570

Локус (UCSC)

Хр. 19: 3.57 – 3.58 Mb

Хр. 10: 81.18 – 81.19 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

HMG20B (англ. High mobility group 20B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 317 амінокислот, а молекулярна маса — 35 813^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSHGPKQPGA	AAAPAGGKAP	GQHGGFVVTV	KQERGEGPRA	GEKGSHEEEP
VKKRGWPKGK	KRKKILPNGP	KAPVTGYVRF	LNERREQIRT	RHPDLPFPEI
TKMLGAEWSK	LQPTEKQRYL	DEAEREKQQY	MKELRAYQQS	EAYKMCTEKI
QEKKIKKEDS	SSGLMNTLLN	GHKGGDCDGF	STFDVPIFTE	EFLDQNKARE
AELRRLRKMN	VAFEEQNAVL	QRHTQSMSSA	RERLEQELAL	EERRTLALQQ
QLQAVRQALT	ASFASLPVPG	TGETPTLGTL	DFYMARLHGA	IERDPAQHEK
LIVRIKEILA	QVASEHL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, клітинний цикл, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі, хромосомах.

Література

Lee Y.M., Shin H., Choi W., Ahn S., Kim W. (2002). Characterization of human SMARCE1r high-mobility-group protein. Biochim. Biophys. Acta. 1574: 269—276. PMID 11997092 DOI:10.1016/S0167-4781(01)00373-6
Wang C., McCarty I.M., Balazs L., Li Y., Steiner M.S. (2002). Cloning a cDNA encoding an alternatively spliced protein of BRCA2-associated factor 35. Biochem. Biophys. Res. Commun. 295: 129—135. PMID 12083779 DOI:10.1016/S0006-291X(02)00624-1
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Hakimi M.-A., Dong Y., Lane W.S., Speicher D.W., Shiekhattar R. (2003). A candidate X-linked mental retardation gene is a component of a new family of histone deacetylase-containing complexes. J. Biol. Chem. 278: 7234—7239. PMID 12493763 DOI:10.1074/jbc.M208992200

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:5002 (англ.) . Процитовано 12 вересня 2017.
↑ UniProt, Q9P0W2 (англ.) . Архів оригіналу за 7 листопада 2016. Процитовано 12 вересня 2017.