IFI16 |
---|
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/23/Protein_IFI16_PDB_2oq0.png/250px-Protein_IFI16_PDB_2oq0.png) |
Наявні структури |
---|
PDB | Пошук для людей: PDBe RCSB | Список кодів PDB | 2OQ0, 3B6Y, 3RLN, 3RLO, 3RNU, 4QGU | | |
Ідентифікатори |
---|
Символи | IFI16, IFNGIP1, PYHIN2, interferon gamma inducible protein 16 |
---|
Зовнішні ІД | OMIM: 147586 MGI: 3695276 HomoloGene: 115929 GeneCards: IFI16 |
---|
|
Пов'язані генетичні захворювання |
---|
ревматоїдний артрит, целіакія[1] |
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція | • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • identical protein binding • double-stranded DNA binding • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • DNA binding • transcription factor binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding |
---|
Клітинна компонента | • ядерце • нуклеоплазма • клітинне ядро • мембрана • nuclear speck • цитоплазма • гіалоплазма |
---|
Біологічний процес | • positive regulation of type I interferon production • GO:0032737 positive regulation of cytokine production • intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator • cellular response to glucose starvation • transcription, DNA-templated • negative regulation of viral genome replication • negative regulation of innate immune response • monocyte differentiation • cellular response to ionizing radiation • negative regulation of DNA binding • regulation of autophagy • myeloid cell differentiation • intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator • GO:0097285 апоптоз • кровотворення • activation of cysteine-type endopeptidase activity • автофагія • negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of interleukin-1 beta production • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • Епігенетичне успадкування • проліферація • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • activation of innate immune response • процес імунної системи • inflammatory response • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • вроджений імунітет • defense response to virus • cellular response to interferon-beta |
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Шаблон експресії |
---|
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/42/PBB_GE_IFI16_208966_x_at_fs.png/250px-PBB_GE_IFI16_208966_x_at_fs.png)
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/ab/PBB_GE_IFI16_208965_s_at_fs.png/250px-PBB_GE_IFI16_208965_s_at_fs.png)
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/0/04/PBB_GE_IFI16_206332_s_at_fs.png/250px-PBB_GE_IFI16_206332_s_at_fs.png) |
Більше даних |
Ортологи |
---|
Види | Людина | Миша |
---|
Entrez | | |
---|
Ensembl | | |
---|
UniProt | | |
---|
RefSeq (мРНК) | NM_001206567 NM_005531 NM_001364867 NM_001376587 NM_001376588
| NM_001376589 NM_001376591 NM_001376592 |
| | NM_001033384 NM_001177349 NM_001177350 NM_001368798 NM_001368799 |
|
---|
RefSeq (білок) | NP_001193496 NP_005522 NP_001351796 NP_001363516 NP_001363517
| NP_001363518 NP_001363520 NP_001363521 |
| |
---|
Локус (UCSC) | Хр. 1: 159 – 159.06 Mb | Хр. 1: 173.39 – 173.43 Mb |
---|
PubMed search | [2] | [3] |
---|
Вікідані |
Див./Ред. для людей | Див./Ред. для мишей |
|
IFI16 (англ. Interferon gamma inducible protein 16) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. [4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 785 амінокислот, а молекулярна маса — 88 256[5].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MGKKYKNIVL | | LKGLEVINDY | | HFRMVKSLLS | | NDLKLNLKMR | | EEYDKIQIAD |
LMEEKFRGDA | | GLGKLIKIFE | | DIPTLEDLAE | | TLKKEKLKVK | | GPALSRKRKK |
EVDATSPAPS | | TSSTVKTEGA | | EATPGAQKRK | | KSTKEKAGPK | | GSKVSEEQTQ |
PPSPAGAGMS | | TAMGRSPSPK | | TSLSAPPNSS | | STENPKTVAK | | CQVTPRRNVL |
QKRPVIVKVL | | STTKPFEYET | | PEMEKKIMFH | | ATVATQTQFF | | HVKVLNTSLK |
EKFNGKKIII | | ISDYLEYDSL | | LEVNEESTVS | | EAGPNQTFEV | | PNKIINRAKE |
TLKIDILHKQ | | ASGNIVYGVF | | MLHKKTVNQK | | TTIYEIQDDR | | GKMDVVGTGQ |
CHNIPCEEGD | | KLQLFCFRLR | | KKNQMSKLIS | | EMHSFIQIKK | | KTNPRNNDPK |
SMKLPQEQRQ | | LPYPSEASTT | | FPESHLRTPQ | | MPPTTPSSSF | | FTKKSEDTIS |
KMNDFMRMQI | | LKEGSHFPGP | | FMTSIGPAES | | HPHTPQMPPS | | TPSSSFLTTK |
SEDTISKMND | | FMRMQILKEG | | SHFPGPFMTS | | IGPAESHPHT | | PQMPPSTPSS |
SFLTTLKPRL | | KTEPEEVSIE | | DSAQSDLKEV | | MVLNATESFV | | YEPKEQKKMF |
HATVATENEV | | FRVKVFNIDL | | KEKFTPKKII | | AIANYVCRNG | | FLEVYPFTLV |
ADVNADRNME | | IPKGLIRSAS | | VTPKINQLCS | | QTKGSFVNGV | | FEVHKKNVRG |
EFTYYEIQDN | | TGKMEVVVHG | | RLTTINCEEG | | DKLKLTCFEL | | APKSGNTGEL |
RSVIHSHIKV | | IKTRKNKKDI | | LNPDSSMETS | | PDFFF |
Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, активаторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як апоптоз, імунітет, вроджений імунітет, транскрипція, регуляція транскрипції, запальна відповідь, автофагія, поліморфізм, ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.
Література
- Trapani J.A., Dawson M.J., Apostolidis V.A., Browne K.A. (1994). Genomic organization of IFI16, an interferon-inducible gene whose expression is associated with human myeloid cell differentiation: correlation of predicted protein domains with exon organization. Immunogenetics. 40: 415—424. PMID 7959953 DOI:10.1007/BF00177824
- Xin H., Curry J., Johnstone R.W., Nickoloff B.J., Choubey D. (2003). Role of IFI 16, a member of the interferon-inducible p200-protein family, in prostate epithelial cellular senescence. Oncogene. 22: 4831—4840. PMID 12894224 DOI:10.1038/sj.onc.1206754
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
- Johnstone R.W., Kershaw M.H., Trapani J.A. (1998). Isotypic variants of the interferon-inducible transcriptional repressor IFI 16 arise through differential mRNA splicing. Biochemistry. 37: 11924—11931. PMID 9718316 DOI:10.1021/bi981069a
- Dawson M.J., Trapani J.A. (1995). IFI 16 gene encodes a nuclear protein whose expression is induced by interferons in human myeloid leukaemia cell lines. J. Cell. Biochem. 57: 39—51. PMID 7536752 DOI:10.1002/jcb.240570106
- Johnstone R.W., Kerry J.A., Trapani J.A. (1998). The human interferon-inducible protein, IFI 16, is a repressor of transcription. J. Biol. Chem. 273: 17172—17177. PMID 9642285 DOI:10.1074/jbc.273.27.17172
Примітки
- ↑ Захворювання, генетично пов'язані з IFI16 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
- ↑ Human PubMed Reference:.
- ↑ Mouse PubMed Reference:.
- ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:5395 (англ.) . Процитовано 25 серпня 2017.
- ↑ UniProt, Q16666 (англ.) . Архів оригіналу за 16 серпня 2017. Процитовано 25 серпня 2017.
Див. також
| Це незавершена стаття про білки. Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її. |
Портал «Біологія» Портал «Хімія» |
|
---|
(1) Основні домени |
---|
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP) | |
---|
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) | |
---|
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) | |
---|
(1.4) NF-1 | |
---|
(1.5) RF-X | |
---|
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) | |
---|
|
|
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
---|
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) | підродина 1 | |
---|
підродина 2 | |
---|
підродина 3 | - Стероїдні гормони
- Естроген-зв'язувальні
|
---|
підродина 4 | |
---|
підродина 5 | |
---|
підродина 6 | |
---|
підродина 0 | |
---|
|
---|
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 | |
---|
(2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців | |
---|
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер | |
---|
(2.5) Цинкові пальці іншого складу | |
---|
(2.6) WRKY | |
---|
|
|
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
---|
(3.1) Гомеобокс | |
---|
(3.2) Парний бокс | |
---|
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль | |
---|
(3.4) Фактори теплового шоку | |
---|
(3.5) Триптофановий кластер | |
---|
(3.6) Домен транскрипційний енхансер | |
---|
|
|
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
---|
(4.1) RHR | |
---|
(4.2) STAT | |
---|
(4.3) p53 | |
---|
(4.4) MADS | |
---|
(4.6) TATA | |
---|
(4.7) Високомобільна група | |
---|
(4.9) Grainyhead | |
---|
(4.10) Домен холодового шоку | |
---|
(4.11) Runt | |
---|
|
|
(0) Інші фактори транскрипції |
---|
(0.2) HMGI(Y) | |
---|
(0.3) Pocket домен | |
---|
(0.5) AP2/EREBP-подібні | |
---|
(0.6) Інші | |
---|
|
|