IFI16

Наявні структури

Пошук для людей: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2OQ0, 3B6Y, 3RLN, 3RLO, 3RNU, 4QGU

Ідентифікатори

Символи

IFI16, IFNGIP1, PYHIN2, interferon gamma inducible protein 16

Зовнішні ІД

OMIM: 147586 MGI: 3695276 HomoloGene: 115929 GeneCards: IFI16

Пов'язані генетичні захворювання

ревматоїдний артрит, целіакія^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • identical protein binding • double-stranded DNA binding • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • DNA binding • transcription factor binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding
Клітинна компонента	• ядерце • нуклеоплазма • клітинне ядро • мембрана • nuclear speck • цитоплазма • гіалоплазма
Біологічний процес	• positive regulation of type I interferon production • GO:0032737 positive regulation of cytokine production • intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator • cellular response to glucose starvation • transcription, DNA-templated • negative regulation of viral genome replication • negative regulation of innate immune response • monocyte differentiation • cellular response to ionizing radiation • negative regulation of DNA binding • regulation of autophagy • myeloid cell differentiation • intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator • GO:0097285 апоптоз • кровотворення • activation of cysteine-type endopeptidase activity • автофагія • negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of interleukin-1 beta production • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • Епігенетичне успадкування • проліферація • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • activation of innate immune response • процес імунної системи • inflammatory response • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • вроджений імунітет • defense response to virus • cellular response to interferon-beta
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


3428


623121

Ensembl


ENSG00000163565


ENSMUSG00000073491

UniProt


Q16666


н/д

RefSeq (мРНК)

NM_001206567 NM_005531 NM_001364867 NM_001376587 NM_001376588
NM_001376589 NM_001376591 NM_001376592


NM_001033384 NM_001177349 NM_001177350 NM_001368798 NM_001368799

RefSeq (білок)

NP_001193496 NP_005522 NP_001351796 NP_001363516 NP_001363517
NP_001363518 NP_001363520 NP_001363521


н/д

Локус (UCSC)

Хр. 1: 159 – 159.06 Mb

Хр. 1: 173.39 – 173.43 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

IFI16 (англ. Interferon gamma inducible protein 16) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. ^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 785 амінокислот, а молекулярна маса — 88 256^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MGKKYKNIVL	LKGLEVINDY	HFRMVKSLLS	NDLKLNLKMR	EEYDKIQIAD
LMEEKFRGDA	GLGKLIKIFE	DIPTLEDLAE	TLKKEKLKVK	GPALSRKRKK
EVDATSPAPS	TSSTVKTEGA	EATPGAQKRK	KSTKEKAGPK	GSKVSEEQTQ
PPSPAGAGMS	TAMGRSPSPK	TSLSAPPNSS	STENPKTVAK	CQVTPRRNVL
QKRPVIVKVL	STTKPFEYET	PEMEKKIMFH	ATVATQTQFF	HVKVLNTSLK
EKFNGKKIII	ISDYLEYDSL	LEVNEESTVS	EAGPNQTFEV	PNKIINRAKE
TLKIDILHKQ	ASGNIVYGVF	MLHKKTVNQK	TTIYEIQDDR	GKMDVVGTGQ
CHNIPCEEGD	KLQLFCFRLR	KKNQMSKLIS	EMHSFIQIKK	KTNPRNNDPK
SMKLPQEQRQ	LPYPSEASTT	FPESHLRTPQ	MPPTTPSSSF	FTKKSEDTIS
KMNDFMRMQI	LKEGSHFPGP	FMTSIGPAES	HPHTPQMPPS	TPSSSFLTTK
SEDTISKMND	FMRMQILKEG	SHFPGPFMTS	IGPAESHPHT	PQMPPSTPSS
SFLTTLKPRL	KTEPEEVSIE	DSAQSDLKEV	MVLNATESFV	YEPKEQKKMF
HATVATENEV	FRVKVFNIDL	KEKFTPKKII	AIANYVCRNG	FLEVYPFTLV
ADVNADRNME	IPKGLIRSAS	VTPKINQLCS	QTKGSFVNGV	FEVHKKNVRG
EFTYYEIQDN	TGKMEVVVHG	RLTTINCEEG	DKLKLTCFEL	APKSGNTGEL
RSVIHSHIKV	IKTRKNKKDI	LNPDSSMETS	PDFFF

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, активаторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як апоптоз, імунітет, вроджений імунітет, транскрипція, регуляція транскрипції, запальна відповідь, автофагія, поліморфізм, ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Trapani J.A., Dawson M.J., Apostolidis V.A., Browne K.A. (1994). Genomic organization of IFI16, an interferon-inducible gene whose expression is associated with human myeloid cell differentiation: correlation of predicted protein domains with exon organization. Immunogenetics. 40: 415—424. PMID 7959953 DOI:10.1007/BF00177824
Xin H., Curry J., Johnstone R.W., Nickoloff B.J., Choubey D. (2003). Role of IFI 16, a member of the interferon-inducible p200-protein family, in prostate epithelial cellular senescence. Oncogene. 22: 4831—4840. PMID 12894224 DOI:10.1038/sj.onc.1206754
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Johnstone R.W., Kershaw M.H., Trapani J.A. (1998). Isotypic variants of the interferon-inducible transcriptional repressor IFI 16 arise through differential mRNA splicing. Biochemistry. 37: 11924—11931. PMID 9718316 DOI:10.1021/bi981069a
Dawson M.J., Trapani J.A. (1995). IFI 16 gene encodes a nuclear protein whose expression is induced by interferons in human myeloid leukaemia cell lines. J. Cell. Biochem. 57: 39—51. PMID 7536752 DOI:10.1002/jcb.240570106
Johnstone R.W., Kerry J.A., Trapani J.A. (1998). The human interferon-inducible protein, IFI 16, is a repressor of transcription. J. Biol. Chem. 273: 17172—17177. PMID 9642285 DOI:10.1074/jbc.273.27.17172

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з IFI16 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:5395 (англ.) . Процитовано 25 серпня 2017.
↑ UniProt, Q16666 (англ.) . Архів оригіналу за 16 серпня 2017. Процитовано 25 серпня 2017.

Див. також

Хромосома 1

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2
(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)
(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR
підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX
підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ
підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1
підродина 5	LRH-1 SF1
підродина 6	GCNF
підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2
(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4
(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4
(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2
(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5
(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6
(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63
(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF
(4.6) TATA	TBP TBPL1
(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4
(4.9) Grainyhead	TFCP2
(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1
(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1
(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2
(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3
(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма