KHSRP

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2HH2, 2HH3, 2JVZ, 2OPU, 2OPV, 4B8T

Ідентифікатори

Символи

KHSRP, FBP2, FUBP2, KSRP, KH-type splicing regulatory protein, p75

Зовнішні ІД

OMIM: 603445 MGI: 1336214 HomoloGene: 2734 GeneCards: KHSRP

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • mRNA binding • mRNA 3'-UTR AU-rich region binding • RNA binding
Клітинна компонента	• цитоплазма • гіалоплазма • мембрана • нуклеоплазма • cytoplasmic stress granule • клітинне ядро • Екзосома
Біологічний процес	• mRNA transport • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • mRNA catabolic process • RNA splicing, via transesterification reactions • mRNA processing • transcription, DNA-templated • regulation of miRNA metabolic process • Сплайсинг РНК • cellular response to cytokine stimulus • negative regulation of nitric oxide biosynthetic process • positive regulation of mRNA catabolic process • 3'-UTR-mediated mRNA destabilization • regulation of mRNA stability • GO:0061715 miRNA metabolic process • GO:0015915 транспорт • negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


8570


16549

Ensembl


ENSG00000088247


ENSMUSG00000007670

UniProt


Q92945


Q3U0V1

RefSeq (мРНК)


NM_003685 NM_001366299 NM_001366300


NM_010613

RefSeq (білок)


NP_003676 NP_001353228 NP_001353229


NP_034743

Локус (UCSC)

Хр. 19: 6.41 – 6.42 Mb

Хр. 17: 57.33 – 57.34 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

KHSRP (англ. KH-type splicing regulatory protein) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 711 амінокислот, а молекулярна маса — 73 115^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSDYSTGGPP	PGPPPPAGGG	GGAGGAGGGP	PPGPPGAGDR	GGGGPGGGGP
GGGSAGGPSQ	PPGGGGPGIR	KDAFADAVQR	ARQIAAKIGG	DAATTVNNST
PDFGFGGQKR	QLEDGDQPES	KKLASQGDSI	SSQLGPIHPP	PRTSMTEEYR
VPDGMVGLII	GRGGEQINKI	QQDSGCKVQI	SPDSGGLPER	SVSLTGAPES
VQKAKMMLDD	IVSRGRGGPP	GQFHDNANGG	QNGTVQEIMI	PAGKAGLVIG
KGGETIKQLQ	ERAGVKMILI	QDGSQNTNVD	KPLRIIGDPY	KVQQACEMVM
DILRERDQGG	FGDRNEYGSR	IGGGIDVPVP	RHSVGVVIGR	SGEMIKKIQN
DAGVRIQFKQ	DDGTGPEKIA	HIMGPPDRCE	HAARIINDLL	QSLRSGPPGP
PGGPGMPPGG	RGRGRGQGNW	GPPGGEMTFS	IPTHKCGLVI	GRGGENVKAI
NQQTGAFVEI	SRQLPPNGDP	NFKLFIIRGS	PQQIDHAKQL	IEEKIEGPLC
PVGPGPGGPG	PAGPMGPFNP	GPFNQGPPGA	PPHAGGPPPH	QYPPQGWGNT
YPQWQPPAPH	DPSKAAAAAA	DPNAAWAAYY	SHYYQQPPGP	VPGPAPAPAA
PPAQGEPPQP	PPTGQSDYTK	AWEEYYKKIG	QQPQQPGAPP	QQDYTKAWEE
YYKKQAQVAT	GGGPGAPPGS	QPDYSAAWAE	YYRQQAAYYG	QTPGPGGPQP
PPTQQGQQQA	Q

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції, транспорт, транспорт мРНК. Білок має сайт для зв'язування з ДНК, РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Min H., Turck C.W., Nikolic J.M., Black D.L. (1997). A new regulatory protein, KSRP, mediates exon inclusion through an intronic splicing enhancer. Genes Dev. 11: 1023—1036. PMID 9136930 DOI:10.1101/gad.11.8.1023
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Davis-Smyth T., Duncan R.C., Zheng T., Michelotti G., Levens D. (1996). The far upstream element-binding proteins comprise an ancient family of single-strand DNA-binding transactivators. J. Biol. Chem. 271: 31679—31687. PMID 8940189 DOI:10.1074/jbc.271.49.31679
Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240
Impens F., Radoshevich L., Cossart P., Ribet D. (2014). Mapping of SUMO sites and analysis of SUMOylation changes induced by external stimuli. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 111: 12432—12437. PMID 25114211 DOI:10.1073/pnas.1413825111

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:6316 (англ.) . Процитовано 28 лютого 2017.
↑ UniProt, Q92945 (англ.) . Архів оригіналу за 4 лютого 2017. Процитовано 28 лютого 2017.