LSM4 : Література, Примітки, Див. також Вікіпедія

LSM4

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
3JCR

Ідентифікатори

Символи

LSM4, GRP, YER112W, LSM4 homolog, U6 small nuclear RNA and mRNA degradation associated

Зовнішні ІД

OMIM: 607284 MGI: 1354692 HomoloGene: 134555 GeneCards: LSM4

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • U6 snRNA binding • RNA binding • PH domain binding
Клітинна компонента	• spliceosomal tri-snRNP complex • U6 snRNP • P-body • нуклеоплазма • neuron projection • spliceosomal complex • клітинне ядро • гіалоплазма • мембрана • GO:0009327 protein-containing complex • U4/U6 x U5 tri-snRNP complex • U2-type precatalytic spliceosome • Lsm2-8 complex
Біологічний процес	• GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • mRNA processing • spliceosomal snRNP assembly • spliceosomal complex assembly • P-body assembly • exonucleolytic catabolism of deadenylated mRNA • Сплайсинг РНК • mRNA splicing, via spliceosome • nuclear-transcribed mRNA catabolic process
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


25804


50783

Ensembl


ENSG00000130520


ENSMUSG00000031848

UniProt


Q9Y4Z0


Q9QXA5

RefSeq (мРНК)


NM_012321 NM_001252129


NM_015816 NM_001359042

RefSeq (білок)


NP_001239058 NP_036453


NP_056631 NP_001345971

Локус (UCSC)

Хр. 19: 18.31 – 18.32 Mb

Хр. 8: 71.13 – 71.13 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

LSM4 (англ. LSM4 homolog, U6 small nuclear RNA and mRNA degradation associated) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 139 амінокислот, а молекулярна маса — 15 350^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MLPLSLLKTA	QNHPMLVELK	NGETYNGHLV	SCDNWMNINL	REVICTSRDG
DKFWRMPECY	IRGSTIKYLR	IPDEIIDMVK	EEVVAKGRGR	GGLQQQKQQK
GRGMGGAGRG	VFGGRGRGGI	PGTGRGQPEK	KPGRQAGKQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до рибонуклеопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, ацетилювання. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

Salgado-Garrido J., Bragado-Nilsson E., Kandels-Lewis S., Seraphin B. (1999). Sm and Sm-like proteins assemble in two related complexes of deep evolutionary origin. EMBO J. 18: 3451—3462. PMID 10369684 DOI:10.1093/emboj/18.12.3451
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17259 (англ.) . Процитовано 12 вересня 2017.
↑ UniProt, Q9Y4Z0 (англ.) . Архів оригіналу за 7 грудня 2016. Процитовано 12 вересня 2017.