NR1D1 |
---|
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/c0/Protein_NR1D1_PDB_1a6y.png/250px-Protein_NR1D1_PDB_1a6y.png) |
Наявні структури |
---|
PDB | Пошук ортологів: PDBe RCSB | Список кодів PDB | 1A6Y, 1GA5, 1HLZ, 3N00 | | |
Ідентифікатори |
---|
Символи | NR1D1, EAR1, THRA1, THRAL, ear-1, hRev, nuclear receptor subfamily 1 group D member 1, REVERBA, REVERBalpha |
---|
Зовнішні ІД | OMIM: 602408 MGI: 2444210 HomoloGene: 23324 GeneCards: NR1D1 |
---|
|
Реагує на сполуку |
---|
SR-9009, SR-9011[1] |
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція | • DNA binding • sequence-specific DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • zinc ion binding • зв'язування з іоном металу • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • steroid hormone receptor activity • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0038050, GO:0004886, GO:0038051 nuclear receptor activity • core promoter sequence-specific DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • heme binding • transcription corepressor binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • E-box binding • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • transcription factor binding • nuclear receptor coactivator activity • signaling receptor activity |
---|
Клітинна компонента | • цитоплазма • cell projection • dendritic spine • нуклеоплазма • дендрит (нейробіологія) • клітинне ядро • ядерні тільця • RNA polymerase II transcription regulator complex |
---|
Біологічний процес | • диференціація клітин • regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • ритмічний процес • circadian temperature homeostasis • positive regulation of bile acid biosynthetic process • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • circadian regulation of gene expression • regulation of fat cell differentiation • transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • regulation of lipid metabolic process • glycogen biosynthetic process • regulation of circadian rhythm • циркадний ритм • proteasomal protein catabolic process • transcription initiation from RNA polymerase II promoter • response to leptin • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • cellular response to lipopolysaccharide • regulation of type B pancreatic cell proliferation • negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway • steroid hormone mediated signaling pathway • intracellular receptor signaling pathway • cholesterol homeostasis • multicellular organism development • hormone-mediated signaling pathway • response to lipid • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • negative regulation of cold-induced thermogenesis • protein destabilization • regulation of circadian sleep/wake cycle • negative regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling • negative regulation of inflammatory response • negative regulation of astrocyte activation • cellular response to interleukin-1 • cellular response to tumor necrosis factor • negative regulation of neuroinflammatory response • negative regulation of microglial cell activation |
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Шаблон експресії |
---|
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/83/PBB_GE_NR1D1_31637_s_at_fs.png/250px-PBB_GE_NR1D1_31637_s_at_fs.png)
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/c4/PBB_GE_NR1D1_204760_s_at_fs.png/250px-PBB_GE_NR1D1_204760_s_at_fs.png) |
Більше даних |
Ортологи |
---|
Види | Людина | Миша |
---|
Entrez | | |
---|
Ensembl | | |
---|
UniProt | | |
---|
RefSeq (мРНК) | | |
---|
RefSeq (білок) | | |
---|
Локус (UCSC) | Хр. 17: 40.09 – 40.1 Mb | Хр. 11: 98.66 – 98.67 Mb |
---|
PubMed search | [2] | [3] |
---|
Вікідані |
Див./Ред. для людей | Див./Ред. для мишей |
|
NR1D1 (англ. Nuclear receptor subfamily 1 group D member 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми.[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 614 амінокислот, а молекулярна маса — 66 805[5].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MTTLDSNNNT | | GGVITYIGSS | | GSSPSRTSPE | | SLYSDNSNGS | | FQSLTQGCPT |
YFPPSPTGSL | | TQDPARSFGS | | IPPSLSDDGS | | PSSSSSSSSS | | SSSFYNGSPP |
GSLQVAMEDS | | SRVSPSKSTS | | NITKLNGMVL | | LCKVCGDVAS | | GFHYGVHACE |
GCKGFFRRSI | | QQNIQYKRCL | | KNENCSIVRI | | NRNRCQQCRF | | KKCLSVGMSR |
DAVRFGRIPK | | REKQRMLAEM | | QSAMNLANNQ | | LSSQCPLETS | | PTQHPTPGPM |
GPSPPPAPVP | | SPLVGFSQFP | | QQLTPPRSPS | | PEPTVEDVIS | | QVARAHREIF |
TYAHDKLGSS | | PGNFNANHAS | | GSPPATTPHR | | WENQGCPPAP | | NDNNTLAAQR |
HNEALNGLRQ | | APSSYPPTWP | | PGPAHHSCHQ | | SNSNGHRLCP | | THVYAAPEGK |
APANSPRQGN | | SKNVLLACPM | | NMYPHGRSGR | | TVQEIWEDFS | | MSFTPAVREV |
VEFAKHIPGF | | RDLSQHDQVT | | LLKAGTFEVL | | MVRFASLFNV | | KDQTVMFLSR |
TTYSLQELGA | | MGMGDLLSAM | | FDFSEKLNSL | | ALTEEELGLF | | TAVVLVSADR |
SGMENSASVE | | QLQETLLRAL | | RALVLKNRPL | | ETSRFTKLLL | | KLPDLRTLNN |
MHSEKLLSFR | | VDAQ |
Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, рецепторів, активаторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми, диференціація клітин, ацетилювання. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза, ДНК, гемом. Локалізований у цитоплазмі, ядрі, клітинних відростках.
Література
- Lazar M.A., Jones K.E., Chin W.W. (1990). Isolation of a cDNA encoding human Rev-ErbA alpha: transcription from the noncoding DNA strand of a thyroid hormone receptor gene results in a related protein that does not bind thyroid hormone. DNA Cell Biol. 9: 77—83. PMID 1971514 DOI:10.1089/dna.1990.9.77
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
- Coste H., Rodriguez J.C. (2002). Orphan nuclear hormone receptor Rev-erbalpha regulates the human apolipoprotein CIII promoter. J. Biol. Chem. 277: 27120—27129. PMID 12021280 DOI:10.1074/jbc.M203421200
- Yin L., Lazar M.A. (2005). The orphan nuclear receptor Rev-erbalpha recruits the N-CoR/histone deacetylase 3 corepressor to regulate the circadian Bmal1 gene. Mol. Endocrinol. 19: 1452—1459. PMID 15761026 DOI:10.1210/me.2005-0057
- Wang J., Yin L., Lazar M.A. (2006). The orphan nuclear receptor Rev-erb alpha regulates circadian expression of plasminogen activator inhibitor type 1. J. Biol. Chem. 281: 33842—33848. PMID 16968709 DOI:10.1074/jbc.M607873200
- Yin L., Wang J., Klein P.S., Lazar M.A. (2006). Nuclear receptor Rev-erbalpha is a critical lithium-sensitive component of the circadian clock. Science. 311: 1002—1005. PMID 16484495 DOI:10.1126/science.1121613
Примітки
- ↑ Сполуки, які фізично взаємодіють з Nuclear receptor subfamily 1 group D member 1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
- ↑ Human PubMed Reference:.
- ↑ Mouse PubMed Reference:.
- ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:7962 (англ.) . Процитовано 12 вересня 2017.
- ↑ UniProt, P20393 (англ.) . Архів оригіналу за 4 серпня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.
Див. також
| Це незавершена стаття про білки. Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її. |
Портал «Біологія» Портал «Хімія» |
|
---|
(1) Основні домени |
---|
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP) | |
---|
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) | |
---|
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) | |
---|
(1.4) NF-1 | |
---|
(1.5) RF-X | |
---|
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) | |
---|
|
|
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
---|
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) | підродина 1 | |
---|
підродина 2 | |
---|
підродина 3 | - Стероїдні гормони
- Естроген-зв'язувальні
|
---|
підродина 4 | |
---|
підродина 5 | |
---|
підродина 6 | |
---|
підродина 0 | |
---|
|
---|
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 | |
---|
(2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців | |
---|
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер | |
---|
(2.5) Цинкові пальці іншого складу | |
---|
(2.6) WRKY | |
---|
|
|
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
---|
(3.1) Гомеобокс | |
---|
(3.2) Парний бокс | |
---|
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль | |
---|
(3.4) Фактори теплового шоку | |
---|
(3.5) Триптофановий кластер | |
---|
(3.6) Домен транскрипційний енхансер | |
---|
|
|
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
---|
(4.1) RHR | |
---|
(4.2) STAT | |
---|
(4.3) p53 | |
---|
(4.4) MADS | |
---|
(4.6) TATA | |
---|
(4.7) Високомобільна група | |
---|
(4.9) Grainyhead | |
---|
(4.10) Домен холодового шоку | |
---|
(4.11) Runt | |
---|
|
|
(0) Інші фактори транскрипції |
---|
(0.2) HMGI(Y) | |
---|
(0.3) Pocket домен | |
---|
(0.5) AP2/EREBP-подібні | |
---|
(0.6) Інші | |
---|
|
|