PHF12

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2L9S, 2LKM

Ідентифікатори

Символи

PHF12, PF1, PHD finger protein 12

Зовнішні ІД

MGI: 1924057 HomoloGene: 10841 GeneCards: PHF12

Онтологія гена
Молекулярна функція	• transcription corepressor binding • GO:0031493 histone binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • chromatin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • phosphatidylinositol binding • зв'язування з іоном металу
Клітинна компонента	• transcription repressor complex • Sin3 complex • клітинне ядро • нуклеоплазма • Sin3-type complex
Біологічний процес	• GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


57649


268448

Ensembl


ENSG00000109118


ENSMUSG00000037791

UniProt


Q96QT6


Q5SPL2

RefSeq (мРНК)


NM_001033561 NM_001290131 NM_020889


NM_174852

RefSeq (білок)


NP_001028733 NP_001277060 NP_065940


NP_777277

Локус (UCSC)

Хр. 17: 28.91 – 28.95 Mb

Хр. 11: 77.87 – 77.92 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

PHF12 (англ. PHD finger protein 12) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 004 амінокислот, а молекулярна маса — 109 698^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MWEKMETKTI	VYDLDTSGGL	MEQIQALLAP	PKTDEAEKRS	RKPEKEPRRS
GRATNHDSCD	SCKEGGDLLC	CDHCPAAFHL	QCCNPPLSEE	MLPPGEWMCH
RCTVRRKKRE	QKKELGHVNG	LVDKSGKRTT	SPSSDTDLLD	RSASKTELKA
IAHARILERR	ASRPGTPTSS	ASTETPTSEQ	NDVDEDIIDV	DEEPVAAEPD
YVQPQLRRPF	ELLIAAAMER	NPTQFQLPNE	LTCTTALPGS	SKRRRKEETT
GKNVKKTQHE	LDHNGLVPLP	VKVCFTCNRS	CRVAPLIQCD	YCPLLFHMDC
LEPPLTAMPL	GRWMCPNHIE	HVVLNQKNMT	LSNRCQVFDR	FQDTVSQHVV
KVDFLNRIHK	KHPPNRRVLQ	SVKRRSLKVP	DAIKSQYQFP	PPLIAPAAIR
DGELICNGIP	EESQMHLLNS	EHLATQAEQQ	EWLCSVVALQ	CSILKHLSAK
QMPSHWDSEQ	TEKADIKPVI	VTDSSVTTSL	QTADKTPTPS	HYPLSCPSGI
STQNSLSCSP	PHQSPALEDI	GCSSCAEKSK	KTPCGTANGP	VNTEVKANGP
HLYSSPTDST	DPRRLPGANT	PLPGLSHRQG	WPRPLTPPAA	GGLQNHTVGI
IVKTENATGP	SSCPQRSLVP	VPSLPPSIPS	SCASIENTST	LQRKTVQSQI
GPPLTDSRPL	GSPPNATRVL	TPPQAAGDGI	LATTANQRFS	SPAPSSDGKV
SPGTLSIGSA	LTVPSFPANS	TAMVDLTNSL	RAFMDVNGEI	EINMLDEKLI
KFLALQRIHQ	LFPSRVQPSP	GSVGTHQLAS	GGHHIEVQRK	EVQARAVFYP
LLGLGGAVNM	CYRTLYIGTG	ADMDVCLTNY	GHCNYVSGKH	ACIFYDENTK
HYELLNYSEH	GTTVDNVLYS	CDFSEKTPPT	PPSSIVAKVQ	SVIRRRRHQK
QDEEPSEEAA	MMSSQAQGPQ	RRPCNCKASS	SSLIGGSGAG	WEGTALLHHG
SYIKLGCLQF	VFSITEFATK	QPKGDASLLQ	DGVLAEKLSL	KPHQGPVLRS
NSVP

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у ядрі.

Література

Yochum G.S., Ayer D.E. (2001). Pf1, a novel PHD zinc finger protein that links the TLE corepressor to the mSin3A-histone deacetylase complex. Mol. Cell. Biol. 21: 4110—4118. PMID 11390640 DOI:10.1128/MCB.21.13.4110-4118.2001
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Nagase T., Kikuno R., Ishikawa K., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 143—150. PMID 10819331 DOI:10.1093/dnares/7.2.143
Kaadige M.R., Ayer D.E. (2006). The polybasic region that follows the plant homeodomain zinc finger 1 of Pf1 is necessary and sufficient for specific phosphoinositide binding. J. Biol. Chem. 281: 28831—28836. PMID 16893883 DOI:10.1074/jbc.M605624200
Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:20816 (англ.) . Процитовано 12 вересня 2017.
↑ UniProt, Q96QT6 (англ.) . Архів оригіналу за 12 травня 2016. Процитовано 12 вересня 2017.