PHF12 |
---|
|
Наявні структури |
---|
PDB | Пошук ортологів: PDBe RCSB | Список кодів PDB | 2L9S, 2LKM | | |
Ідентифікатори |
---|
Символи | PHF12, PF1, PHD finger protein 12 |
---|
Зовнішні ІД | MGI: 1924057 HomoloGene: 10841 GeneCards: PHF12 |
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція | • transcription corepressor binding • GO:0031493 histone binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • chromatin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • phosphatidylinositol binding • зв'язування з іоном металу |
---|
Клітинна компонента | • transcription repressor complex • Sin3 complex • клітинне ядро • нуклеоплазма • Sin3-type complex |
---|
Біологічний процес | • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated |
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Шаблон експресії |
---|
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/5f/PBB_GE_PHF12_gnf1h07489_at_fs.png/250px-PBB_GE_PHF12_gnf1h07489_at_fs.png) |
Більше даних |
Ортологи |
---|
Види | Людина | Миша |
---|
Entrez | | |
---|
Ensembl | | |
---|
UniProt | | |
---|
RefSeq (мРНК) | | NM_001033561 NM_001290131 NM_020889 |
| |
---|
RefSeq (білок) | | NP_001028733 NP_001277060 NP_065940 |
| |
---|
Локус (UCSC) | Хр. 17: 28.91 – 28.95 Mb | Хр. 11: 77.87 – 77.92 Mb |
---|
PubMed search | [1] | [2] |
---|
Вікідані |
Див./Ред. для людей | Див./Ред. для мишей |
|
PHF12 (англ. PHD finger protein 12) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 004 амінокислот, а молекулярна маса — 109 698[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MWEKMETKTI | | VYDLDTSGGL | | MEQIQALLAP | | PKTDEAEKRS | | RKPEKEPRRS |
GRATNHDSCD | | SCKEGGDLLC | | CDHCPAAFHL | | QCCNPPLSEE | | MLPPGEWMCH |
RCTVRRKKRE | | QKKELGHVNG | | LVDKSGKRTT | | SPSSDTDLLD | | RSASKTELKA |
IAHARILERR | | ASRPGTPTSS | | ASTETPTSEQ | | NDVDEDIIDV | | DEEPVAAEPD |
YVQPQLRRPF | | ELLIAAAMER | | NPTQFQLPNE | | LTCTTALPGS | | SKRRRKEETT |
GKNVKKTQHE | | LDHNGLVPLP | | VKVCFTCNRS | | CRVAPLIQCD | | YCPLLFHMDC |
LEPPLTAMPL | | GRWMCPNHIE | | HVVLNQKNMT | | LSNRCQVFDR | | FQDTVSQHVV |
KVDFLNRIHK | | KHPPNRRVLQ | | SVKRRSLKVP | | DAIKSQYQFP | | PPLIAPAAIR |
DGELICNGIP | | EESQMHLLNS | | EHLATQAEQQ | | EWLCSVVALQ | | CSILKHLSAK |
QMPSHWDSEQ | | TEKADIKPVI | | VTDSSVTTSL | | QTADKTPTPS | | HYPLSCPSGI |
STQNSLSCSP | | PHQSPALEDI | | GCSSCAEKSK | | KTPCGTANGP | | VNTEVKANGP |
HLYSSPTDST | | DPRRLPGANT | | PLPGLSHRQG | | WPRPLTPPAA | | GGLQNHTVGI |
IVKTENATGP | | SSCPQRSLVP | | VPSLPPSIPS | | SCASIENTST | | LQRKTVQSQI |
GPPLTDSRPL | | GSPPNATRVL | | TPPQAAGDGI | | LATTANQRFS | | SPAPSSDGKV |
SPGTLSIGSA | | LTVPSFPANS | | TAMVDLTNSL | | RAFMDVNGEI | | EINMLDEKLI |
KFLALQRIHQ | | LFPSRVQPSP | | GSVGTHQLAS | | GGHHIEVQRK | | EVQARAVFYP |
LLGLGGAVNM | | CYRTLYIGTG | | ADMDVCLTNY | | GHCNYVSGKH | | ACIFYDENTK |
HYELLNYSEH | | GTTVDNVLYS | | CDFSEKTPPT | | PPSSIVAKVQ | | SVIRRRRHQK |
QDEEPSEEAA | | MMSSQAQGPQ | | RRPCNCKASS | | SSLIGGSGAG | | WEGTALLHHG |
SYIKLGCLQF | | VFSITEFATK | | QPKGDASLLQ | | DGVLAEKLSL | | KPHQGPVLRS |
NSVP |
Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у ядрі.
Література
- Yochum G.S., Ayer D.E. (2001). Pf1, a novel PHD zinc finger protein that links the TLE corepressor to the mSin3A-histone deacetylase complex. Mol. Cell. Biol. 21: 4110—4118. PMID 11390640 DOI:10.1128/MCB.21.13.4110-4118.2001
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
- Nagase T., Kikuno R., Ishikawa K., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 143—150. PMID 10819331 DOI:10.1093/dnares/7.2.143
- Kaadige M.R., Ayer D.E. (2006). The polybasic region that follows the plant homeodomain zinc finger 1 of Pf1 is necessary and sufficient for specific phosphoinositide binding. J. Biol. Chem. 281: 28831—28836. PMID 16893883 DOI:10.1074/jbc.M605624200
- Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033
Примітки
- ↑ Human PubMed Reference:.
- ↑ Mouse PubMed Reference:.
- ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:20816 (англ.) . Процитовано 12 вересня 2017.
- ↑ UniProt, Q96QT6 (англ.) . Архів оригіналу за 12 травня 2016. Процитовано 12 вересня 2017.
Див. також
| Це незавершена стаття про білки. Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її. |
Портал «Біологія» Портал «Хімія» |
На цю статтю не посилаються інші статті Вікіпедії. Будь ласка розставте посилання відповідно до прийнятих рекомендацій. |