SOX6

SOX6
Ідентифікатори
Символи SOX6, HSSOXD, SRY-box 6, SRY-box transcription factor 6, TOLCAS
Зовнішні ІД OMIM: 607257 MGI: 98368 HomoloGene: 22631 GeneCards: SOX6
Пов'язані генетичні захворювання
остеопороз, ожиріння[1]
Онтологія гена
Молекулярна функція

DNA binding
sequence-specific DNA binding
GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity
GO:0001948, GO:0016582 protein binding
protein heterodimerization activity
GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific
GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific

Клітинна компонента

нуклеоплазма
клітинне ядро

Біологічний процес

cellular response to transforming growth factor beta stimulus
cell fate commitment
GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
cardiac muscle cell differentiation
muscle organ development
oligodendrocyte differentiation
in utero embryonic development
GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II
post-embryonic development
transcription, DNA-templated
positive regulation of mesenchymal stem cell differentiation
multicellular organism development
GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated
oligodendrocyte cell fate specification
muscle cell differentiation
cartilage development
astrocyte differentiation
positive regulation of cartilage development
positive regulation of chondrocyte differentiation
GO:0000767 cell morphogenesis
регуляція експресії генів
erythrocyte differentiation
GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated
GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
erythrocyte development
negative regulation of cardiac muscle cell differentiation
кровотворення

Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види Людина Миша
Entrez
55553
20679
Ensembl
ENSG00000110693
ENSMUSG00000051910
UniProt
P35712
P40645
RefSeq (мРНК)
NM_033326
NM_001145811
NM_001145819
NM_017508
NM_001367872
NM_001367873
NM_001025559
NM_001025560
NM_001277326
NM_001277327
NM_001277328
NM_011445
RefSeq (білок)
NP_001139283
NP_001139291
NP_059978
NP_201583
NP_001354801
NP_001354802
NP_001020730
NP_001020731
NP_001264255
NP_001264256
NP_001264257
NP_035575
Локус (UCSC) Хр. 11: 15.97 – 16.74 Mb Хр. 7: 115.47 – 116.04 Mb
PubMed search [2] [3]
Вікідані
Див./Ред. для людейДив./Ред. для мишей

SOX6 (англ. SRY-box 6) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 11-ї хромосоми.[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 828 амінокислот, а молекулярна маса — 91 921[5].

Послідовність амінокислот
1020304050
MSSKQATSPFACAADGEDAMTQDLTSREKEEGSDQHVASHLPLHPIMHNK
PHSEELPTLVSTIQQDADWDSVLSSQQRMESENNKLCSLYSFRNTSTSPH
KPDEGSRDREIMTSVTFGTPERRKGSLADVVDTLKQKKLEEMTRTEQEDS
SCMEKLLSKDWKEKMERLNTSELLGEIKGTPESLAEKERQLSTMITQLIS
LREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMDLARQQQEQIARQQQQLLQQQHK
INLLQQQIQVQGHMPPLMIPIFPHDQRTLAAAAAAQQGFLFPPGITYKPG
DNYPVQFIPSTMAAAAASGLSPLQLQKGHVSHPQINQRLKGLSDRFGRNL
DTFEHGGGHSYNHKQIEQLYAAQLASMQVSPGAKMPSTPQPPNTAGTVSP
TGIKNEKRGTSPVTQVKDEAAAQPLNLSSRPKTAEPVKSPTSPTQNLFPA
SKTSPVNLPNKSSIPSPIGGSLGRGSSLDILSSLNSPALFGDQDTVMKAI
QEARKMREQIQREQQQQQPHGVDGKLSSINNMGLNSCRNEKERTRFENLG
PQLTGKSNEDGKLGPGVIDLTRPEDAEGSKAMNGSAAKLQQYYCWPTGGA
TVAEARVYRDARGRASSEPHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSN
ISKILGSRWKSMSNQEKQPYYEEQARLSKIHLEKYPNYKYKPRPKRTCIV
DGKKLRIGEYKQLMRSRRQEMRQFFTVGQQPQIPITTGTGVVYPGAITMA
TTTPSPQMTSDCSSTSASPEPSLPVIQSTYGMKTDGGSLAGNEMINGEDE
MEMYDDYEDDPKSDYSSENEAPEAVSAN

Кодований геном білок за функціями належить до активаторів, білків розвитку, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

  • Cohen-Barak O., Hagiwara N., Arlt M.F., Horton J.P., Brilliant M.H. (2001). Cloning, characterization and chromosome mapping of the human SOX6 gene. Gene. 265: 157—164. PMID 11255018 DOI:10.1016/S0378-1119(01)00346-8
  • The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504

Примітки

  1. Захворювання, генетично пов'язані з SOX6 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
  2. Human PubMed Reference:.
  3. Mouse PubMed Reference:.
  4. HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:16421 (англ.) . Архів оригіналу за 26 березня 2016. Процитовано 8 вересня 2017.
  5. UniProt, P35712 (англ.) . Архів оригіналу за 24 вересня 2017. Процитовано 8 вересня 2017.

Див. також

  • Хромосома 11
Молекула міоглобіну Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

П:  Портал «Біологія» П:  Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)
(1.3) Спіраль-петля-спіраль
/ Лейцинова застібка
(bHLH-ZIP)
(1.4) NF-1
(1.5) RF-X
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4)
підродина 1
підродина 2
підродина 3
підродина 4
підродина 5
підродина 6
підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4
(2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер
(2.5) Цинкові пальці іншого складу
(2.6) WRKY
  • WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс
(3.2) Парний бокс
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль
(3.4) Фактори теплового шоку
(3.5) Триптофановий кластер
(3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR
(4.2) STAT
(4.3) p53
(4.4) MADS
(4.6) TATA
(4.7) Високомобільна група
(4.9) Grainyhead
(4.10) Домен холодового шоку
(4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y)
(0.3) Pocket домен
(0.5) AP2/EREBP-подібні
  • AP2
  • EREBP
  • B3
(0.6) Інші