SPEN |
---|
|
Наявні структури |
---|
PDB | Пошук ортологів: PDBe RCSB | Список кодів PDB | 1OW1, 2RT5, 4P6Q | | |
Ідентифікатори |
---|
Символи | SPEN, HIAA0929, MINT, RBM15C, SHARP, spen family transcriptional repressor, RATARS |
---|
Зовнішні ІД | OMIM: 613484 MGI: 1891706 HomoloGene: 124461 GeneCards: SPEN |
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція | • DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • RNA binding • GO:0001106 transcription corepressor activity |
---|
Клітинна компонента | • transcription repressor complex • екзосома • клітинне ядро • нуклеоплазма |
---|
Біологічний процес | • Сигнальний шлях Notch • positive regulation of neurogenesis • mRNA splicing, via spliceosome • GO:0022415 viral process • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated |
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Шаблон експресії |
---|
|
Більше даних |
Ортологи |
---|
Види | Людина | Миша |
---|
Entrez | | |
---|
Ensembl | | |
---|
UniProt | | |
---|
RefSeq (мРНК) | | |
---|
RefSeq (білок) | | |
---|
Локус (UCSC) | Хр. 1: 15.84 – 15.94 Mb | Хр. 4: 141.2 – 141.27 Mb |
---|
PubMed search | [1] | [2] |
---|
Вікідані |
Див./Ред. для людей | Див./Ред. для мишей |
|
SPEN (англ. Spen family transcriptional repressor) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 3 664 амінокислот, а молекулярна маса — 402 248[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MVRETRHLWV | | GNLPENVREE | | KIIEHFKRYG | | RVESVKILPK | | RGSEGGVAAF |
VDFVDIKSAQ | | KAHNSVNKMG | | DRDLRTDYNE | | PGTIPSAARG | | LDDTVSIASR |
SREVSGFRGG | | GGGPAYGPPP | | SLHAREGRYE | | RRLDGASDNR | | ERAYEHSAYG |
HHERGTGGFD | | RTRHYDQDYY | | RDPRERTLQH | | GLYYASRSRS | | PNRFDAHDPR |
YEPRAREQFT | | LPSVVHRDIY | | RDDITREVRG | | RRPERNYQHS | | RSRSPHSSQS |
RNQSPQRLAS | | QASRPTRSPS | | GSGSRSRSSS | | SDSISSSSST | | SSDSSDSSSS |
SSDDSPARSV | | QSAAVPAPTS | | QLLSSLEKDE | | PRKSFGIKVQ | | NLPVRSTDTS |
LKDGLFHEFK | | KFGKVTSVQI | | HGTSEERYGL | | VFFRQQEDQE | | KALTASKGKL |
FFGMQIEVTA | | WIGPETESEN | | EFRPLDERID | | EFHPKATRTL | | FIGNLEKTTT |
YHDLRNIFQR | | FGEIVDIDIK | | KVNGVPQYAF | | LQYCDIASVC | | KAIKKMDGEY |
LGNNRLKLGF | | GKSMPTNCVW | | LDGLSSNVSD | | QYLTRHFCRY | | GPVVKVVFDR |
LKGMALVLYN | | EIEYAQAAVK | | ETKGRKIGGN | | KIKVDFANRE | | SQLAFYHCME |
KSGQDIRDFY | | EMLAERREER | | RASYDYNQDR | | TYYESVRTPG | | TYPEDSRRDY |
PARGREFYSE | | WETYQGDYYE | | SRYYDDPREY | | RDYRNDPYEQ | | DIREYSYRQR |
ERERERERFE | | SDRDRDHERR | | PIERSQSPVH | | LRRPQSPGAS | | PSQAERLPSD |
SERRLYSRSS | | DRSGSCSSLS | | PPRYEKLDKS | | RLERYTKNEK | | TDKERTFDPE |
RVERERRLIR | | KEKVEKDKTD | | KQKRKGKVHS | | PSSQSSETDQ | | ENEREQSPEK |
PRSCNKLSRE | | KADKEGIAKN | | RLELMPCVVL | | TRVKEKEGKV | | IDHTPVEKLK |
AKLDNDTVKS | | SALDQKLQVS | | QTEPAKSDLS | | KLESVRMKVP | | KEKGLSSHVE |
VVEKEGRLKA | | RKHLKPEQPA | | DGVSAVDLEK | | LEARKRRFAD | | SNLKAEKQKP |
EVKKSSPEME | | DARVLSKKQP | | DVSSREVILL | | REGEAERKPV | | RKEILKRESK |
KIKLDRLNTV | | ASPKDCQELA | | SISVGSGSRP | | SSDLQARLGE | | LAGESVENQE |
VQSKKPIPSK | | PQLKQLQVLD | | DQGPEREDVR | | KNYCSLRDET | | PERKSGQEKS |
HSVNTEEKIG | | IDIDHTQSYR | | KQMEQSRRKQ | | QMEMEIAKSE | | KFGSPKKDVD |
EYERRSLVHE | | VGKPPQDVTD | | DSPPSKKKRM | | DHVDFDICTK | | RERNYRSSRQ |
ISEDSERTGG | | SPSVRHGSFH | | EDEDPIGSPR | | LLSVKGSPKV | | DEKVLPYSNI |
TVREESLKFN | | PYDSSRREQM | | ADMAKIKLSV | | LNSEDELNRW | | DSQMKQDAGR |
FDVSFPNSII | | KRDSLRKRSV | | RDLEPGEVPS | | DSDEDGEHKS | | HSPRASALYE |
SSRLSFLLRD | | REDKLRERDE | | RLSSSLERNK | | FYSFALDKTI | | TPDTKALLER |
AKSLSSSREE | | NWSFLDWDSR | | FANFRNNKDK | | EKVDSAPRPI | | PSWYMKKKKI |
RTDSEGKMDD | | KKEDHKEEEQ | | ERQELFASRF | | LHSSIFEQDS | | KRLQHLERKE |
EDSDFISGRI | | YGKQTSEGAN | | STTDSIQEPV | | VLFHSRFMEL | | TRMQQKEKEK |
DQKPKEVEKQ | | EDTENHPKTP | | ESAPENKDSE | | LKTPPSVGPP | | SVTVVTLESA |
PSALEKTTGD | | KTVEAPLVTE | | EKTVEPATVS | | EEAKPASEPA | | PAPVEQLEQV |
DLPPGADPDK | | EAAMMPAGVE | | EGSSGDQPPY | | LDAKPPTPGA | | SFSQAESNVD |
PEPDSTQPLS | | KPAQKSEEAN | | EPKAEKPDAT | | ADAEPDANQK | | AEAAPESQPP |
ASEDLEVDPP | | VAAKDKKPNK | | SKRSKTPVQA | | AAVSIVEKPV | | TRKSERIDRE |
KLKRSNSPRG | | EAQKLLELKM | | EAEKITRTAS | | KNSAADLEHP | | EPSLPLSRTR |
RRNVRSVYAT | | MGDHENRSPV | | KEPVEQPRVT | | RKRLERELQE | | AAAVPTTPRR |
GRPPKTRRRA | | DEEEENEAKE | | PAETLKPPEG | | WRSPRSQKTA | | AGGGPQGKKG |
KNEPKVDATR | | PEATTEVGPQ | | IGVKESSMEP | | KAAEEEAGSE | | QKRDRKDAGT |
DKNPPETAPV | | EVVEKKPAPE | | KNSKSKRGRS | | RNSRLAVDKS | | ASLKNVDAAV |
SPRGAAAQAG | | ERESGVVAVS | | PEKSESPQKE | | DGLSSQLKSD | | PVDPDKEPEK |
EDVSASGPSP | | EATQLAKQME | | LEQAVEHIAK | | LAEASASAAY | | KADAPEGLAP |
EDRDKPAHQA | | SETELAAAIG | | SIINDISGEP | | ENFPAPPPYP | | GESQTDLQPP |
AGAQALQPSE | | EGMETDEAVS | | GILETEAATE | | SSRPPVNAPD | | PSAGPTDTKE |
ARGNSSETSH | | SVPEAKGSKE | | VEVTLVRKDK | | GRQKTTRSRR | | KRNTNKKVVA |
PVESHVPESN | | QAQGESPAAN | | EGTTVQHPEA | | PQEEKQSEKP | | HSTPPQSCTS |
DLSKIPSTEN | | SSQEISVEER | | TPTKASVPPD | | LPPPPQPAPV | | DEEPQARFRV |
HSIIESDPVT | | PPSDPSIPIP | | TLPSVTAAKL | | SPPVASGGIP | | HQSPPTKVTE |
WITRQEEPRA | | QSTPSPALPP | | DTKASDVDTS | | SSTLRKILMD | | PKYVSATSVT |
STSVTTAIAE | | PVSAAPCLHE | | APPPPVDSKK | | PLEEKTAPPV | | TNNSEIQASE |
VLVAADKEKV | | APVIAPKITS | | VISRMPVSID | | LENSQKITLA | | KPAPQTLTGL |
VSALTGLVNV | | SLVPVNALKG | | PVKGSVTTLK | | SLVSTPAGPV | | NVLKGPVNVL |
TGPVNVLTTP | | VNATVGTVNA | | APGTVNAAAS | | AVNATASAVT | | VTAGAVTAAS |
GGVTATTGTV | | TMAGAVIAPS | | TKCKQRASAN | | ENSRFHPGSM | | PVIDDRPADA |
GSGAGLRVNT | | SEGVVLLSYS | | GQKTEGPQRI | | SAKISQIPPA | | SAMDIEFQQS |
VSKSQVKPDS | | VTASQPPSKG | | PQAPAGYANV | | ATHSTLVLTA | | QTYNASPVIS |
SVKADRPSLE | | KPEPIHLSVS | | TPVTQGGTVK | | VLTQGINTPP | | VLVHNQLVLT |
PSIVTTNKKL | | ADPVTLKIET | | KVLQPANLGS | | TLTPHHPPAL | | PSKLPTEVNH |
VPSGPSIPAD | | RTVSHLAAAK | | LDAHSPRPSG | | PGPSSFPRAS | | HPSSTASTAL |
STNATVMLAA | | GIPVPQFISS | | IHPEQSVIMP | | PHSITQTVSL | | SHLSQGEVRM |
NTPTLPSITY | | SIRPEALHSP | | RAPLQPQQIE | | VRAPQRASTP | | QPAPAGVPAL |
ASQHPPEEEV | | HYHLPVARAT | | APVQSEVLVM | | QSEYRLHPYT | | VPRDVRIMVH |
PHVTAVSEQP | | RAADGVVKVP | | PASKAPQQPG | | KEAAKTPDAK | | AAPTPTPAPV |
PVPVPLPAPA | | PAPHGEARIL | | TVTPSNQLQG | | LPLTPPVVVT | | HGVQIVHSSG |
ELFQEYRYGD | | IRTYHPPAQL | | THTQFPAASS | | VGLPSRTKTA | | AQGPPPEGEP |
LQPPQPVQST | | QPAQPAPPCP | | PSQLGQPGQP | | PSSKMPQVSQ | | EAKGTQTGVE |
QPRLPAGPAN | | RPPEPHTQVQ | | RAQAETGPTS | | FPSPVSVSMK | | PDLPVSLPTQ |
TAPKQPLFVP | | TTSGPSTPPG | | LVLPHTEFQP | | APKQDSSPHL | | TSQRPVDMVQ |
LLKKYPIVWQ | | GLLALKNDTA | | AVQLHFVSGN | | NVLAHRSLPL | | SEGGPPLRIA |
QRMRLEATQL | | EGVARRMTVE | | TDYCLLLALP | | CGRDQEDVVS | | QTESLKAAFI |
TYLQAKQAAG | | IINVPNPGSN | | QPAYVLQIFP | | PCEFSESHLS | | RLAPDLLASI |
SNISPHLMIV | | IASV |
Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, активаторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як взаємодія хазяїн-вірус, транскрипція, регуляція транскрипції, поліморфізм. Білок має сайт для зв'язування з ДНК, РНК. Локалізований у ядрі.
Література
- Shi Y., Hon M., Evans R.M. (2002). The peroxisome proliferator-activated receptor delta, an integrator of transcriptional repression and nuclear receptor signaling. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99: 2613—2618. PMID 11867749 DOI:10.1073/pnas.052707099
- Ariyoshi M., Schwabe J.W.R. (2003). A conserved structural motif reveals the essential transcriptional repression function of Spen proteins and their role in developmental signaling. Genes Dev. 17: 1909—1920. PMID 12897056 DOI:10.1101/gad.266203
Примітки
- ↑ Human PubMed Reference:.
- ↑ Mouse PubMed Reference:.
- ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17575 (англ.) . Архів оригіналу за 5 квітня 2016. Процитовано 28 серпня 2017.
- ↑ UniProt, Q96T58 (англ.) . Архів оригіналу за 8 вересня 2017. Процитовано 28 серпня 2017.
Див. також
| Це незавершена стаття про білки. Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її. |
Портал «Біологія» Портал «Хімія» |