SUPT6H

Ідентифікатори

Символи

SUPT6H, SPT6, SPT6H, emb-5, SPT6 homolog, histone chaperone, SPT6 homolog, histone chaperone and transcription elongation factor

Зовнішні ІД

OMIM: 601333 MGI: 107726 HomoloGene: 40661 GeneCards: SUPT6H

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0031493 histone binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • nucleosome binding • RNA binding
Клітинна компонента	• клітинне ядро • нуклеоплазма • transcription elongation factor complex
Біологічний процес	• ремоделювання хроматину • negative regulation of histone H3-K27 methylation • mRNA transport • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • regulation of muscle cell differentiation • regulation of mRNA export from nucleus • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • mRNA processing • regulation of DNA-templated transcription, elongation • transcription, DNA-templated • Сплайсинг РНК • regulation of isotype switching • GO:0022415 viral process • nucleobase-containing compound metabolic process • positive regulation of transcription elongation from RNA polymerase II promoter • transcription by RNA polymerase II • transcription elongation from RNA polymerase II promoter • GO:0016584, GO:0001207, GO:0042766, GO:0001208, GO:0060303 nucleosome organization • mRNA transcription by RNA polymerase II • regulation of mRNA processing • GO:0015915 транспорт • blastocyst formation
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


6830


20926

Ensembl


ENSG00000109111


ENSMUSG00000002052

UniProt


Q7KZ85


Q62383

RefSeq (мРНК)


NM_003170 NM_001320755


NM_009297

RefSeq (білок)


NP_001307684 NP_003161


NP_033323

Локус (UCSC)

Хр. 17: 28.66 – 28.7 Mb

Хр. 11: 78.1 – 78.14 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SUPT6H (англ. SPT6 homolog, histone chaperone) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 726 амінокислот, а молекулярна маса — 199 073^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSDFVESEAE	ESEEEYNDEG	EVVPRVTKKF	VEEEDDDEEE	EEENLDDQDE
QGNLKGFIND	DDDEDEGEED	EGSDSGDSED	DVGHKKRKRT	SFDDRLEDDD
FDLIEENLGV	KVKRGQKYRR	VKKMSDDEDD	DEEEYGKEEH	EKEAIAEEIF
QDGEGEEGQE	AMEAPMAPPE	EEEEDDEESD	IDDFIVDDDG	QPLKKPKWRK
KLPGYTDAAL	QEAQEIFGVD	FDYDEFEKYN	EYDEELEEEY	EYEDDEAEGE
IRVRPKKTTK	KRVSRRSIFE	MYEPSELESS	HLTDQDNEIR	ATDLPERFQL
RSIPVKGAED	DELEEEADWI	YRNAFATPTI	SLQESCDYLD	RGQPASSFSR
KGPSTIQKIK	EALGFMRNQH	FEVPFIAFYR	KEYVEPELHI	NDLWRVWQWD
EKWTQLRIRK	ENLTRLFEKM	QAYQYEQISA	DPDKPLADGI	RALDTTDMER
LKDVQSMDEL	KDVYNHFLLY	YGRDIPKMQN	AAKASRKKLK	RVREEGDEEG
EGDEAEDEEQ	RGPELKQASR	RDMYTICQSA	GLDGLAKKFG	LTPEQFGENL
RDSYQRHETE	QFPAEPLELA	KDYVCSQFPT	PEAVLEGARY	MVALQIAREP
LVRQVLRQTF	QERAKLNITP	TKKGRKDVDE	AHYAYSFKYL	KNKPVKELRD
DQFLKICLAE	DEGLLTTDIS	IDLKGVEGYG	NDQTYFEEIK	QFYYRDEFSH
QVQEWNRQRT	MAIERALQQF	LYVQMAKELK	NKLLAEAKEY	VIKACSRKLY
NWLRVAPYRP	DQQVEEDDDF	MDENQGKGIR	VLGIAFSSAR	DHPVFCALVN
GEGEVTDFLR	LPHFTKRRTA	WREEEREKKA	QDIETLKKFL	LNKKPHVVTV
AGENRDAQML	IEDVKRIVHE	LDQGQQLSSI	GVELVDNELA	ILYMNSKKSE
AEFRDYPPVL	RQAVSLARRI	QDPLIEFAQV	CSSDEDILCL	KFHPLQEHVV
KEELLNALYC	EFINRVNEVG	VDVNRAIAHP	YSQALIQYVC	GLGPRKGTHL
LKILKQNNTR	LESRTQLVTM	CHMGPKVFMN	CAGFLKIDTA	SLGDSTDSYI
EVLDGSRVHP	ETYEWARKMA	VDALEYDESA	EDANPAGALE	EILENPERLK
DLDLDAFAEE	LERQGYGDKH	ITLYDIRAEL	SCRYKDLRTA	YRSPNTEEIF
NMLTKETPET	FYIGKLIICN	VTGIAHRRPQ	GESYDQAIRN	DETGLWQCPF
CQQDNFPELS	EVWNHFDSGS	CPGQAIGVKT	RLDNGVTGFI	PTKFLSDKVV
KRPEERVKVG	MTVHCRIMKI	DIEKFSADLT	CRTSDLMDRN	NEWKLPKDTY
YDFDAEAADH	KQEEDMKRKQ	QRTTYIKRVI	AHPSFHNINF	KQAEKMMETM
DQGDVIIRPS	SKGENHLTVT	WKVSDGIYQH	VDVREEGKEN	AFSLGATLWI
NSEEFEDLDE	IVARYVQPMA	SFARDLLNHK	YYQDCSGGDR	KKLEELLIKT
KKEKPTFIPY	FICACKELPG	KFLLGYQPRG	KPRIEYVTVT	PEGFRYRGQI
FPTVNGLFRW	FKDHYQDPVP	GITPSSSSRT	RTPASINATP	ANINLADLTR
AVNALPQNMT	SQMFSAIAAV	TGQGQNPNAT	PAQWASSQYG	YGGSGGGSSA
YHVFPTPAQQ	PVATPLMTPS	YSYTTPSQPI	TTPQYHQLQA	STTPQSAQAQ
PQPSSSSRQR	QQQPKSNSHA	AIDWGKMAEQ	WLQEKEAERR	KQKQRLTPRP
SPSPMIESTP	MSIAGDATPL	LDEMDR

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до шаперонів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як взаємодія хазяїн-вірус, процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції, транспорт, транспорт мРНК, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

Nagase T., Seki N., Ishikawa K., Tanaka A., Nomura N. (1996). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. V. The coding sequences of 40 new genes (KIAA0161-KIAA0200) deduced by analysis of cDNA clones from human cell line KG-1. DNA Res. 3: 17—24. PMID 8724849 DOI:10.1093/dnares/3.1.17
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Wu-Baer F., Lane W.S., Gaynor R.B. (1998). Role of the human homolog of the yeast transcription factor SPT5 in HIV-1 Tat-activation. J. Mol. Biol. 277: 179—197. PMID 9514752 DOI:10.1006/jmbi.1997.1601
Winkler M., aus Dem Siepen T., Stamminger T. (2000). Functional interaction between pleiotropic transactivator pUL69 of human cytomegalovirus and the human homolog of yeast chromatin regulatory protein SPT6. J. Virol. 74: 8053—8064. PMID 10933715 DOI:10.1128/JVI.74.17.8053-8064.2000
Yoh S.M., Cho H., Pickle L., Evans R.M., Jones K.A. (2007). The Spt6 SH2 domain binds Ser2-P RNAPII to direct Iws1-dependent mRNA splicing and export. Genes Dev. 21: 160—174. PMID 17234882 DOI:10.1101/gad.1503107
Yoh S.M., Lucas J.S., Jones K.A. (2008). The Iws1:Spt6:CTD complex controls cotranscriptional mRNA biosynthesis and HYPB/Setd2-mediated histone H3K36 methylation. Genes Dev. 22: 3422—3434. PMID 19141475 DOI:10.1101/gad.1720008

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11470 (англ.) . Архів оригіналу за 24 березня 2016. Процитовано 12 вересня 2017.
↑ UniProt, Q7KZ85 (англ.) . Архів оригіналу за 7 грудня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.