TNRC6A |
---|
|
Ідентифікатори |
---|
Символи | TNRC6A, CAGH26, GW1, GW182, TNRC6, trinucleotide repeat containing 6A, FAME6, trinucleotide repeat containing adaptor 6A |
---|
Зовнішні ІД | OMIM: 610739 MGI: 2385292 HomoloGene: 41399 GeneCards: TNRC6A |
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція | • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • RNA binding |
---|
Клітинна компонента | • цитоплазма • гіалоплазма • комплекс Ґольджі • внутрішньоклітинна мембранна органела • P-body • нуклеоплазма |
---|
Біологічний процес | • GO:0035194 РНК-інтерференція • gene silencing by miRNA • regulation of translation • miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation • Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway • Сайленсинг генів • GO:1905616 regulation of gene silencing by miRNA • regulation of megakaryocyte differentiation • cellular response to starvation • GO:1901313 positive regulation of gene expression • negative regulation of gene expression • positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening |
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Ортологи |
---|
Види | Людина | Миша |
---|
Entrez | | |
---|
Ensembl | | ENSG00000090905 ENSG00000288130 |
| |
---|
UniProt | | |
---|
RefSeq (мРНК) | | NM_014494 NM_001330520 NM_001351850 |
| |
---|
RefSeq (білок) | | NP_001317449 NP_055309 NP_001338779 |
| |
---|
Локус (UCSC) | Хр. 16: 24.61 – 24.83 Mb | Хр. 7: 122.72 – 122.79 Mb |
---|
PubMed search | [1] | [2] |
---|
Вікідані |
Див./Ред. для людей | Див./Ред. для мишей |
|
TNRC6A (англ. Trinucleotide repeat containing 6A) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 16-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 962 амінокислот, а молекулярна маса — 210 297[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MRELEAKATK | | DVERNLSRDL | | VQEEEQLMEE | | KKKKKDDKKK | | KEAAQKKATE |
QKIKVPEQIK | | PSVSQPQPAN | | SNNGTSTATS | | TNNNAKRATA | | NNQQPQQQQQ |
QQQPQQQQPQ | | QQPQPQPQQQ | | QPQQQPQALP | | RYPREVPPRF | | RHQEHKQLLK |
RGQHFPVIAA | | NLGSAVKVLN | | SQSESSALTN | | QQPQNNGEVQ | | NSKNQSDINH |
STSGSHYENS | | QRGPVSSTSD | | SSTNCKNAVV | | SDLSEKEAWP | | SAPGSDPELA |
SECMDADSAS | | SSESERNITI | | MASGNTGGEK | | DGLRNSTGLG | | SQNKFVVGSS |
SNNVGHGSST | | GPWGFSHGAI | | ISTCQVSVDA | | PESKSESSNN | | RMNAWGTVSS |
SSNGGLNPST | | LNSASNHGAW | | PVLENNGLAL | | KGPVGSGSSG | | INIQCSTIGQ |
MPNNQSINSK | | VSGGSTHGTW | | GSLQETCESE | | VSGTQKVSFS | | GQPQNITTEM |
TGPNNTTNFM | | TSSLPNSGSV | | QNNELPSSNT | | GAWRVSTMNH | | PQMQAPSGMN |
GTSLSHLSNG | | ESKSGGSYGT | | TWGAYGSNYS | | GDKCSGPNGQ | | ANGDTVNATL |
MQPGVNGPMG | | TNFQVNTNKG | | GGVWESGAAN | | SQSTSWGSGN | | GANSGGSRRG |
WGTPAQNTGT | | NLPSVEWNKL | | PSNQHSNDSA | | NGNGKTFTNG | | WKSTEEEDQG |
SATSQTNEQS | | SVWAKTGGTV | | ESDGSTESTG | | RLEEKGTGES | | QSRDRRKIDQ |
HTLLQSIVNR | | TDLDPRVLSN | | SGWGQTPIKQ | | NTAWDTETSP | | RGERKTDNGT |
EAWGSSATQT | | FNSGACIDKT | | SPNGNDTSSV | | SGWGDPKPAL | | RWGDSKGSNC |
QGGWEDDSAA | | TGMVKSNQWG | | NCKEEKAAWN | | DSQKNKQGWG | | DGQKSSQGWS |
VSASDNWGET | | SRNNHWGEAN | | KKSSSGGSDS | | DRSVSGWNEL | | GKTSSFTWGN |
NINPNNSSGW | | DESSKPTPSQ | | GWGDPPKSNQ | | SLGWGDSSKP | | VSSPDWNKQQ |
DIVGSWGIPP | | ATGKPPGTGW | | LGGPIPAPAK | | EEEPTGWEEP | | SPESIRRKME |
IDDGTSAWGD | | PSKYNYKNVN | | MWNKNVPNGN | | SRSDQQAQVH | | QLLTPASAIS |
NKEASSGSGW | | GEPWGEPSTP | | ATTVDNGTSA | | WGKPIDSGPS | | WGEPIAAASS |
TSTWGSSSVG | | PQALSKSGPK | | SMQDGWCGDD | | MPLPGNRPTG | | WEEEEDVEIG |
MWNSNSSQEL | | NSSLNWPPYT | | KKMSSKGLSG | | KKRRRERGMM | | KGGNKQEEAW |
INPFVKQFSN | | ISFSRDSPEE | | NVQSNKMDLS | | GGMLQDKRME | | IDKHSLNIGD |
YNRTVGKGPG | | SRPQISKESS | | MERNPYFDKD | | GIVADESQNM | | QFMSSQSMKL |
PPSNSALPNQ | | ALGSIAGLGM | | QNLNSVRQNG | | NPSMFGVGNT | | AAQPRGMQQP |
PAQPLSSSQP | | NLRAQVPPPL | | LSPQVPVSLL | | KYAPNNGGLN | | PLFGPQQVAM |
LNQLSQLNQL | | SQISQLQRLL | | AQQQRAQSQR | | SVPSGNRPQQ | | DQQGRPLSVQ |
QQMMQQSRQL | | DPNLLVKQQT | | PPSQQQPLHQ | | PAMKSFLDNV | | MPHTTPELQK |
GPSPINAFSN | | FPIGLNSNLN | | VNMDMNSIKE | | PQSRLRKWTT | | VDSISVNTSL |
DQNSSKHGAI | | SSGFRLEESP | | FVPYDFMNSS | | TSPASPPGSI | | GDGWPRAKSP |
NGSSSVNWPP | | EFRPGEPWKG | | YPNIDPETDP | | YVTPGSVINN | | LSINTVREVD |
HLRDRNSGSS | | SSLNTTLPST | | SAWSSIRASN | | YNVPLSSTAQ | | STSARNSDSK |
LTWSPGSVTN | | TSLAHELWKV | | PLPPKNITAP | | SRPPPGLTGQ | | KPPLSTWDNS |
PLRIGGGWGN | | SDARYTPGSS | | WGESSSGRIT | | NWLVLKNLTP | | QIDGSTLRTL |
CMQHGPLITF | | HLNLPHGNAL | | VRYSSKEEVV | | KAQKSLHMCV | | LGNTTILAEF |
ASEEEISRFF | | AQSQSLTPSP | | GWQSLGSSQS | | RLGSLDCSHS | | FSSRTDLNHW |
NGAGLSGTNC | | GDLHGTSLWG | | TPHYSTSLWG | | PPSSSDPRGI | | SSPSPINAFL |
SVDHLGGGGE | | SM |
Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як регуляція трансляції, РНК-залежне заглушення генів, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі.
Література
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
- Nagase T., Kikuno R., Ishikawa K., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 143—150. PMID 10819331 DOI:10.1093/dnares/7.2.143
- Sen G.L., Blau H.M. (2005). Argonaute 2/RISC resides in sites of mammalian mRNA decay known as cytoplasmic bodies. Nat. Cell Biol. 7: 633—636. PMID 15908945 DOI:10.1038/ncb1265
- Wakiyama M., Takimoto K., Ohara O., Yokoyama S. (2007). Let-7 microRNA-mediated mRNA deadenylation and translational repression in a mammalian cell-free system. Genes Dev. 21: 1857—1862. PMID 17671087 DOI:10.1101/gad.1566707
- Jagannath A., Wood M.J.A. (2009). Localization of double-stranded small interfering RNA to cytoplasmic processing bodies is Ago2 dependent and results in up-regulation of GW182 and Argonaute-2. Mol. Biol. Cell. 20: 521—529. PMID 18946079 DOI:10.1091/mbc.E08-08-0796
- Zipprich J.T., Bhattacharyya S., Mathys H., Filipowicz W. (2009). Importance of the C-terminal domain of the human GW182 protein TNRC6C for translational repression. RNA. 15: 781—793. PMID 19304925 DOI:10.1261/rna.1448009
Примітки
- ↑ Human PubMed Reference:.
- ↑ Mouse PubMed Reference:.
- ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11969 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.
- ↑ UniProt, Q8NDV7 (англ.) . Архів оригіналу за 24 вересня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.
Див. також
| Це незавершена стаття про білки. Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її. |
Портал «Біологія» Портал «Хімія» |