TNRC6A

Ідентифікатори

Символи

TNRC6A, CAGH26, GW1, GW182, TNRC6, trinucleotide repeat containing 6A, FAME6, trinucleotide repeat containing adaptor 6A

Зовнішні ІД

OMIM: 610739 MGI: 2385292 HomoloGene: 41399 GeneCards: TNRC6A

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • RNA binding
Клітинна компонента	• цитоплазма • гіалоплазма • комплекс Ґольджі • внутрішньоклітинна мембранна органела • P-body • нуклеоплазма
Біологічний процес	• GO:0035194 РНК-інтерференція • gene silencing by miRNA • regulation of translation • miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation • Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway • Сайленсинг генів • GO:1905616 regulation of gene silencing by miRNA • regulation of megakaryocyte differentiation • cellular response to starvation • GO:1901313 positive regulation of gene expression • negative regulation of gene expression • positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


27327


233833

Ensembl


ENSG00000090905 ENSG00000288130


ENSMUSG00000052707

UniProt


Q8NDV7


Q3UHK8

RefSeq (мРНК)


NM_014494 NM_001330520 NM_001351850


NM_144925

RefSeq (білок)


NP_001317449 NP_055309 NP_001338779


NP_659174

Локус (UCSC)

Хр. 16: 24.61 – 24.83 Mb

Хр. 7: 122.72 – 122.79 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

TNRC6A (англ. Trinucleotide repeat containing 6A) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 16-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 962 амінокислот, а молекулярна маса — 210 297^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MRELEAKATK	DVERNLSRDL	VQEEEQLMEE	KKKKKDDKKK	KEAAQKKATE
QKIKVPEQIK	PSVSQPQPAN	SNNGTSTATS	TNNNAKRATA	NNQQPQQQQQ
QQQPQQQQPQ	QQPQPQPQQQ	QPQQQPQALP	RYPREVPPRF	RHQEHKQLLK
RGQHFPVIAA	NLGSAVKVLN	SQSESSALTN	QQPQNNGEVQ	NSKNQSDINH
STSGSHYENS	QRGPVSSTSD	SSTNCKNAVV	SDLSEKEAWP	SAPGSDPELA
SECMDADSAS	SSESERNITI	MASGNTGGEK	DGLRNSTGLG	SQNKFVVGSS
SNNVGHGSST	GPWGFSHGAI	ISTCQVSVDA	PESKSESSNN	RMNAWGTVSS
SSNGGLNPST	LNSASNHGAW	PVLENNGLAL	KGPVGSGSSG	INIQCSTIGQ
MPNNQSINSK	VSGGSTHGTW	GSLQETCESE	VSGTQKVSFS	GQPQNITTEM
TGPNNTTNFM	TSSLPNSGSV	QNNELPSSNT	GAWRVSTMNH	PQMQAPSGMN
GTSLSHLSNG	ESKSGGSYGT	TWGAYGSNYS	GDKCSGPNGQ	ANGDTVNATL
MQPGVNGPMG	TNFQVNTNKG	GGVWESGAAN	SQSTSWGSGN	GANSGGSRRG
WGTPAQNTGT	NLPSVEWNKL	PSNQHSNDSA	NGNGKTFTNG	WKSTEEEDQG
SATSQTNEQS	SVWAKTGGTV	ESDGSTESTG	RLEEKGTGES	QSRDRRKIDQ
HTLLQSIVNR	TDLDPRVLSN	SGWGQTPIKQ	NTAWDTETSP	RGERKTDNGT
EAWGSSATQT	FNSGACIDKT	SPNGNDTSSV	SGWGDPKPAL	RWGDSKGSNC
QGGWEDDSAA	TGMVKSNQWG	NCKEEKAAWN	DSQKNKQGWG	DGQKSSQGWS
VSASDNWGET	SRNNHWGEAN	KKSSSGGSDS	DRSVSGWNEL	GKTSSFTWGN
NINPNNSSGW	DESSKPTPSQ	GWGDPPKSNQ	SLGWGDSSKP	VSSPDWNKQQ
DIVGSWGIPP	ATGKPPGTGW	LGGPIPAPAK	EEEPTGWEEP	SPESIRRKME
IDDGTSAWGD	PSKYNYKNVN	MWNKNVPNGN	SRSDQQAQVH	QLLTPASAIS
NKEASSGSGW	GEPWGEPSTP	ATTVDNGTSA	WGKPIDSGPS	WGEPIAAASS
TSTWGSSSVG	PQALSKSGPK	SMQDGWCGDD	MPLPGNRPTG	WEEEEDVEIG
MWNSNSSQEL	NSSLNWPPYT	KKMSSKGLSG	KKRRRERGMM	KGGNKQEEAW
INPFVKQFSN	ISFSRDSPEE	NVQSNKMDLS	GGMLQDKRME	IDKHSLNIGD
YNRTVGKGPG	SRPQISKESS	MERNPYFDKD	GIVADESQNM	QFMSSQSMKL
PPSNSALPNQ	ALGSIAGLGM	QNLNSVRQNG	NPSMFGVGNT	AAQPRGMQQP
PAQPLSSSQP	NLRAQVPPPL	LSPQVPVSLL	KYAPNNGGLN	PLFGPQQVAM
LNQLSQLNQL	SQISQLQRLL	AQQQRAQSQR	SVPSGNRPQQ	DQQGRPLSVQ
QQMMQQSRQL	DPNLLVKQQT	PPSQQQPLHQ	PAMKSFLDNV	MPHTTPELQK
GPSPINAFSN	FPIGLNSNLN	VNMDMNSIKE	PQSRLRKWTT	VDSISVNTSL
DQNSSKHGAI	SSGFRLEESP	FVPYDFMNSS	TSPASPPGSI	GDGWPRAKSP
NGSSSVNWPP	EFRPGEPWKG	YPNIDPETDP	YVTPGSVINN	LSINTVREVD
HLRDRNSGSS	SSLNTTLPST	SAWSSIRASN	YNVPLSSTAQ	STSARNSDSK
LTWSPGSVTN	TSLAHELWKV	PLPPKNITAP	SRPPPGLTGQ	KPPLSTWDNS
PLRIGGGWGN	SDARYTPGSS	WGESSSGRIT	NWLVLKNLTP	QIDGSTLRTL
CMQHGPLITF	HLNLPHGNAL	VRYSSKEEVV	KAQKSLHMCV	LGNTTILAEF
ASEEEISRFF	AQSQSLTPSP	GWQSLGSSQS	RLGSLDCSHS	FSSRTDLNHW
NGAGLSGTNC	GDLHGTSLWG	TPHYSTSLWG	PPSSSDPRGI	SSPSPINAFL
SVDHLGGGGE	SM

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як регуляція трансляції, РНК-залежне заглушення генів, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Nagase T., Kikuno R., Ishikawa K., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 143—150. PMID 10819331 DOI:10.1093/dnares/7.2.143
Sen G.L., Blau H.M. (2005). Argonaute 2/RISC resides in sites of mammalian mRNA decay known as cytoplasmic bodies. Nat. Cell Biol. 7: 633—636. PMID 15908945 DOI:10.1038/ncb1265
Wakiyama M., Takimoto K., Ohara O., Yokoyama S. (2007). Let-7 microRNA-mediated mRNA deadenylation and translational repression in a mammalian cell-free system. Genes Dev. 21: 1857—1862. PMID 17671087 DOI:10.1101/gad.1566707
Jagannath A., Wood M.J.A. (2009). Localization of double-stranded small interfering RNA to cytoplasmic processing bodies is Ago2 dependent and results in up-regulation of GW182 and Argonaute-2. Mol. Biol. Cell. 20: 521—529. PMID 18946079 DOI:10.1091/mbc.E08-08-0796
Zipprich J.T., Bhattacharyya S., Mathys H., Filipowicz W. (2009). Importance of the C-terminal domain of the human GW182 protein TNRC6C for translational repression. RNA. 15: 781—793. PMID 19304925 DOI:10.1261/rna.1448009

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11969 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.
↑ UniProt, Q8NDV7 (англ.) . Архів оригіналу за 24 вересня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.