TRIM28

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1FP0, 2RO1, 2YVR

Ідентифікатори

Символи

TRIM28, KAP1, PPP1R157, RNF96, TF1B, TIF1B, tripartite motif containing 28, TIF1beta

Зовнішні ІД

OMIM: 601742 MGI: 109274 HomoloGene: 21175 GeneCards: TRIM28

Онтологія гена
Молекулярна функція	• protein kinase activity • Krueppel-associated box domain binding • chromo shadow domain binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • promoter-specific chromatin binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • зв'язування з іоном металу • GO:0050372 ubiquitin-protein transferase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • ubiquitin protein ligase binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • sequence-specific DNA binding • DNA binding • chromatin binding • zinc ion binding • RNA binding • transferase activity • SUMO transferase activity
Клітинна компонента	• внутрішньоклітинний • Хроматин • RNA polymerase II transcription regulator complex • клітинне ядро • нуклеоплазма
Біологічний процес	• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin assembly • convergent extension involved in axis elongation • embryonic placenta morphogenesis • GO:1900404 positive regulation of DNA repair • in utero embryonic development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • negative regulation of DNA demethylation • protein phosphorylation • protein complex oligomerization • protein autophosphorylation • DNA methylation involved in embryo development • Ras protein signal transduction • transcription initiation from RNA polymerase II promoter • GO:0100026 Репарація ДНК • embryo implantation • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • regulation of genetic imprinting • protein sumoylation • Епітеліально-мезенхімальний перехід • Убіквітин-залежний протеоліз • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of DNA binding • вроджений імунітет • negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:0022415 viral process • positive regulation of protein import into nucleus
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


10155


21849

Ensembl


ENSG00000130726


ENSMUSG00000005566

UniProt


Q13263


Q62318

RefSeq (мРНК)


NM_005762


NM_011588

RefSeq (білок)


NP_005753


NP_035718

Локус (UCSC)

Хр. 19: 58.54 – 58.55 Mb

Хр. 7: 12.73 – 12.76 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

TRIM28 (англ. Tripartite motif containing 28) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 835 амінокислот, а молекулярна маса — 88 550^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAASAAAASA	AAASAASGSP	GPGEGSAGGE	KRSTAPSAAA	SASASAAASS
PAGGGAEALE	LLEHCGVCRE	RLRPEREPRL	LPCLHSACSA	CLGPAAPAAA
NSSGDGGAAG	DGTVVDCPVC	KQQCFSKDIV	ENYFMRDSGS	KAATDAQDAN
QCCTSCEDNA	PATSYCVECS	EPLCETCVEA	HQRVKYTKDH	TVRSTGPAKS
RDGERTVYCN	VHKHEPLVLF	CESCDTLTCR	DCQLNAHKDH	QYQFLEDAVR
NQRKLLASLV	KRLGDKHATL	QKSTKEVRSS	IRQVSDVQKR	VQVDVKMAIL
QIMKELNKRG	RVLVNDAQKV	TEGQQERLER	QHWTMTKIQK	HQEHILRFAS
WALESDNNTA	LLLSKKLIYF	QLHRALKMIV	DPVEPHGEMK	FQWDLNAWTK
SAEAFGKIVA	ERPGTNSTGP	APMAPPRAPG	PLSKQGSGSS	QPMEVQEGYG
FGSGDDPYSS	AEPHVSGVKR	SRSGEGEVSG	LMRKVPRVSL	ERLDLDLTAD
SQPPVFKVFP	GSTTEDYNLI	VIERGAAAAA	TGQPGTAPAG	TPGAPPLAGM
AIVKEEETEA	AIGAPPTATE	GPETKPVLMA	LAEGPGAEGP	RLASPSGSTS
SGLEVVAPEG	TSAPGGGPGT	LDDSATICRV	CQKPGDLVMC	NQCEFCFHLD
CHLPALQDVP	GEEWSCSLCH	VLPDLKEEDG	SLSLDGADST	GVVAKLSPAN
QRKCERVLLA	LFCHEPCRPL	HQLATDSTFS	LDQPGGTLDL	TLIRARLQEK
LSPPYSSPQE	FAQDVGRMFK	QFNKLTEDKA	DVQSIIGLQR	FFETRMNEAF
GDTKFSAVLV	EPPPMSLPGA	GLSSQELSGG	PGDGP

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, лігаз, регуляторів хроматину. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, убіквітинування білків. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у ядрі.

Література

Moosmann P.R., Georgiev O., le Douarin B., Bourquin J.-P., Schaffner W. (1996). Transcriptional repression by RING finger protein TIF1 beta that interacts with the KRAB repressor domain of KOX1. Nucleic Acids Res. 24: 4859—4867. PMID 9016654 DOI:10.1093/nar/24.24.4859
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Agata Y., Matsuda E., Shimizu A. (1999). Two novel Kruppel-associated box-containing zinc-finger proteins, KRAZ1 and KRAZ2, repress transcription through functional interaction with the corepressor KAP-1 (TIF1beta/KRIP-1). J. Biol. Chem. 274: 16412—16422. PMID 10347202 DOI:10.1074/jbc.274.23.16412
Underhill C., Qutob M.S., Yee S.P., Torchia J. (2000). A novel nuclear receptor corepressor complex, N-CoR, contains components of the mammalian SWI/SNF complex and the corepressor KAP-1. J. Biol. Chem. 275: 40463—40470. PMID 11013263 DOI:10.1074/jbc.M007864200
Schultz D.C., Friedman J.R., Rauscher F.J. III (2001). Targeting histone deacetylase complexes via KRAB-zinc finger proteins: the PHD and bromodomains of KAP-1 form a cooperative unit that recruits a novel isoform of the Mi-2alpha subunit of NuRD. Genes Dev. 15: 428—443. PMID 11230151 DOI:10.1101/gad.869501
Schultz D.C., Ayyanathan K., Negorev D., Maul G.G., Rauscher F.J. III (2002). SETDB1: a novel KAP-1-associated histone H3, lysine 9-specific methyltransferase that contributes to HP1-mediated silencing of euchromatic genes by KRAB zinc-finger proteins. Genes Dev. 16: 919—932. PMID 11959841 DOI:10.1101/gad.973302

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:16384 (англ.) . Архів оригіналу за 26 вересня 2017. Процитовано 6 лютого 2017.
↑ UniProt, Q13263 (англ.) . Архів оригіналу за 30 листопада 2016. Процитовано 6 лютого 2017.