UPF1 |
---|
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/81/Protein_UPF1_PDB_2gjk.png/250px-Protein_UPF1_PDB_2gjk.png) |
Наявні структури |
---|
PDB | Пошук ортологів: PDBe RCSB | Список кодів PDB | 2GJK, 2GK6, 2GK7, 2IYK, 2WJV, 2WJY, 2XZO, 2XZP | | |
Ідентифікатори |
---|
Символи | UPF1, HNORF1, RENT1, pNORF1, smg-2, RNA helicase and ATPase, UPF1 RNA helicase and ATPase, UTF |
---|
Зовнішні ІД | OMIM: 601430 MGI: 107995 HomoloGene: 2185 GeneCards: UPF1 |
---|
|
Реагує на сполуку |
---|
Viroporin 3a[1] |
Viroporin 3a[2] |
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція | • nucleotide binding • DNA binding • telomeric DNA binding • zinc ion binding • chromatin binding • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • hydrolase activity • ATP binding • GO:0008026 helicase activity • RNA binding |
---|
Клітинна компонента | • гіалоплазма • P-body • exon-exon junction complex • supraspliceosomal complex • нуклеоплазма • Хроматин • цитоплазма • клітинне ядро |
---|
Біологічний процес | • regulation of translational termination • telomere maintenance via semi-conservative replication • positive regulation of mRNA catabolic process • mRNA export from nucleus • реплікація ДНК • nuclear-transcribed mRNA catabolic process • cellular response to interleukin-1 • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, endonucleolytic cleavage-dependent decay • histone mRNA catabolic process • dosage compensation by inactivation of X chromosome • cellular response to lipopolysaccharide • 3'-UTR-mediated mRNA destabilization • GO:0100026 Репарація ДНК • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay • regulation of telomere maintenance • cell cycle phase transition • GO:0022415 viral process |
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Шаблон експресії |
---|
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/13/PBB_GE_UPF1_211168_s_at_fs.png/250px-PBB_GE_UPF1_211168_s_at_fs.png)
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/8c/PBB_GE_UPF1_208947_s_at_fs.png/250px-PBB_GE_UPF1_208947_s_at_fs.png) |
Більше даних |
Ортологи |
---|
Види | Людина | Миша |
---|
Entrez | | |
---|
Ensembl | | |
---|
UniProt | | |
---|
RefSeq (мРНК) | | |
---|
RefSeq (білок) | | NP_001284478 NP_002902 NP_001284478.1 |
| |
---|
Локус (UCSC) | Хр. 19: 18.83 – 18.87 Mb | Хр. 8: 70.78 – 70.81 Mb |
---|
PubMed search | [3] | [4] |
---|
Вікідані |
Див./Ред. для людей | Див./Ред. для мишей |
|
UPF1 (англ. UPF1, RNA helicase and ATPase) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми.[5] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 129 амінокислот, а молекулярна маса — 124 345[6].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MSVEAYGPSS | | QTLTFLDTEE | | AELLGADTQG | | SEFEFTDFTL | | PSQTQTPPGG |
PGGPGGGGAG | | GPGGAGAGAA | | AGQLDAQVGP | | EGILQNGAVD | | DSVAKTSQLL |
AELNFEEDEE | | DTYYTKDLPI | | HACSYCGIHD | | PACVVYCNTS | | KKWFCNGRGN |
TSGSHIVNHL | | VRAKCKEVTL | | HKDGPLGETV | | LECYNCGCRN | | VFLLGFIPAK |
ADSVVVLLCR | | QPCASQSSLK | | DINWDSSQWQ | | PLIQDRCFLS | | WLVKIPSEQE |
QLRARQITAQ | | QINKLEELWK | | ENPSATLEDL | | EKPGVDEEPQ | | HVLLRYEDAY |
QYQNIFGPLV | | KLEADYDKKL | | KESQTQDNIT | | VRWDLGLNKK | | RIAYFTLPKT |
DSGNEDLVII | | WLRDMRLMQG | | DEICLRYKGD | | LAPLWKGIGH | | VIKVPDNYGD |
EIAIELRSSV | | GAPVEVTHNF | | QVDFVWKSTS | | FDRMQSALKT | | FAVDETSVSG |
YIYHKLLGHE | | VEDVIIKCQL | | PKRFTAQGLP | | DLNHSQVYAV | | KTVLQRPLSL |
IQGPPGTGKT | | VTSATIVYHL | | ARQGNGPVLV | | CAPSNIAVDQ | | LTEKIHQTGL |
KVVRLCAKSR | | EAIDSPVSFL | | ALHNQIRNMD | | SMPELQKLQQ | | LKDETGELSS |
ADEKRYRALK | | RTAERELLMN | | ADVICCTCVG | | AGDPRLAKMQ | | FRSILIDEST |
QATEPECMVP | | VVLGAKQLIL | | VGDHCQLGPV | | VMCKKAAKAG | | LSQSLFERLV |
VLGIRPIRLQ | | VQYRMHPALS | | AFPSNIFYEG | | SLQNGVTAAD | | RVKKGFDFQW |
PQPDKPMFFY | | VTQGQEEIAS | | SGTSYLNRTE | | AANVEKITTK | | LLKAGAKPDQ |
IGIITPYEGQ | | RSYLVQYMQF | | SGSLHTKLYQ | | EVEIASVDAF | | QGREKDFIIL |
SCVRANEHQG | | IGFLNDPRRL | | NVALTRARYG | | VIIVGNPKAL | | SKQPLWNHLL |
NYYKEQKVLV | | EGPLNNLRES | | LMQFSKPRKL | | VNTINPGARF | | MTTAMYDARE |
AIIPGSVYDR | | SSQGRPSSMY | | FQTHDQIGMI | | SAGPSHVAAM | | NIPIPFNLVM |
PPMPPPGYFG | | QANGPAAGRG | | TPKGKTGRGG | | RQKNRFGLPG | | PSQTNLPNSQ |
ASQDVASQPF | | SQGALTQGYI | | SMSQPSQMSQ | | PGLSQPELSQ | | DSYLGDEFKS |
QIDVALSQDS | | TYQGERAYQH | | GGVTGLSQY |
Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі, як альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, іонами металів, іоном цинку, РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.
Література
- Perlick H.A., Medghalchi S.M., Spencer F.A., Kendzior R.J. Jr., Dietz H.C. (1996). Mammalian orthologues of a yeast regulator of nonsense transcript stability. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93: 10928—10932. PMID 8855285 DOI:10.1073/pnas.93.20.10928
- Applequist S.E., Selg M., Raman C., Jaeck H.-M. (1997). Cloning and characterization of HUPF1, a human homolog of the Saccharomyces cerevisiae nonsense mRNA-reducing UPF1 protein. Nucleic Acids Res. 25: 814—821. PMID 9064659 DOI:10.1093/nar/25.4.814
- Page M.F., Carr B., Anders K.R., Grimson A., Anderson P. (1999). SMG-2 is a phosphorylated protein required for mRNA surveillance in Caenorhabditis elegans and related to Upf1p of yeast. Mol. Cell. Biol. 19: 5943—5951. PMID 10454541 DOI:10.1128/MCB.19.9.5943
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
- Lykke-Andersen J., Shu M.-D., Steitz J.A. (2000). Human Upf proteins target an mRNA for nonsense-mediated decay when bound downstream of a termination codon. Cell. 103: 1121—1131. PMID 11163187 DOI:10.1016/S0092-8674(00)00214-2
- Mendell J.T., Medghalchi S.M., Lake R.G., Noensie E.N., Dietz H.C. (2000). Novel Upf2p orthologues suggest a functional link between translation initiation and nonsense surveillance complexes. Mol. Cell. Biol. 20: 8944—8957. PMID 11073994 DOI:10.1128/MCB.20.23.8944-8957.2000
Примітки
- ↑ Сполуки, які фізично взаємодіють з UPF1 regulator of nonsense transcripts homolog (Yeast), isoform CRA_a переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
- ↑ Сполуки, які фізично взаємодіють з UPF1 RNA helicase and ATPase переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
- ↑ Human PubMed Reference:.
- ↑ Mouse PubMed Reference:.
- ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:9962 (англ.) . Архів оригіналу за 28 травня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.
- ↑ UniProt, Q92900 (англ.) . Архів оригіналу за 8 серпня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.
Див. також
| Це незавершена стаття про білки. Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її. |
Портал «Біологія» Портал «Хімія» |
На цю статтю не посилаються інші статті Вікіпедії. Будь ласка розставте посилання відповідно до прийнятих рекомендацій. |