VAPA

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2RR3

Ідентифікатори

Символи

VAPA, VAP-33, VAP-A, VAP33, hVAP-33, VAMP associated protein A, VAMP-A

Зовнішні ІД

OMIM: 605703 MGI: 1353561 HomoloGene: 37824 GeneCards: VAPA

Онтологія гена
Молекулярна функція	• protein domain specific binding • microtubule binding • signal transducer activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • protein heterodimerization activity • cadherin binding • FFAT motif binding
Клітинна компонента	• integral component of membrane • везикула • endoplasmic reticulum membrane • мембрана • microtubule cytoskeleton • ендоплазматичний ретикулум • perinuclear region of cytoplasm • endoplasmic reticulum exit site • міжклітинні контакти • bicellular tight junction • Golgi membrane • ядерна мембрана • клітинне ядро • клітинна мембрана • azurophil granule membrane
Біологічний процес	• COPII-coated vesicle budding • смерть клітини • membrane fusion • protein folding in endoplasmic reticulum • sphingolipid biosynthetic process • endoplasmic reticulum organization • positive regulation by host of viral genome replication • endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport • positive regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling • protein localization to endoplasmic reticulum • negative regulation by host of viral genome replication • neuron projection development • GO:0072468 сигнальна трансдукція • neutrophil degranulation
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


9218


30960

Ensembl


ENSG00000101558


ENSMUSG00000024091

UniProt


Q9P0L0


Q9WV55

RefSeq (мРНК)


NM_003574 NM_194434


NM_013933 NM_001355402

RefSeq (білок)


NP_003565 NP_919415


NP_038961 NP_001342331

Локус (UCSC)

Хр. 18: 9.91 – 9.96 Mb

Хр. 17: 65.89 – 65.92 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

VAPA (англ. VAMP associated protein A) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 18-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 249 амінокислот, а молекулярна маса — 27 893^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MASASGAMAK	HEQILVLDPP	TDLKFKGPFT	DVVTTNLKLR	NPSDRKVCFK
VKTTAPRRYC	VRPNSGIIDP	GSTVTVSVML	QPFDYDPNEK	SKHKFMVQTI
FAPPNTSDME	AVWKEAKPDE	LMDSKLRCVF	EMPNENDKLN	DMEPSKAVPL
NASKQDGPMP	KPHSVSLNDT	ETRKLMEECK	RLQGEMMKLS	EENRHLRDEG
LRLRKVAHSD	KPGSTSTASF	RDNVTSPLPS	LLVVIAAIFI	GFFLGKFIL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у клітинній мембрані, ядрі, мембрані, клітинних контактах, ендоплазматичному ретикулумі, щільних контактах.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Weir M.L., Klip A., Trimble W.S. (1998). Identification of a human homologue of the vesicle-associated membrane protein (VAMP)-associated protein of 33 kDa (VAP-33): a broadly expressed protein that binds to VAMP. Biochem. J. 333: 247—251. PMID 9657962 DOI:10.1042/bj3330247
Nishimura Y., Hayashi M., Inada H., Tanaka T. (1999). Molecular cloning and characterization of mammalian homologues of vesicle-associated membrane protein-associated (VAMP-associated) proteins. Biochem. Biophys. Res. Commun. 254: 21—26. PMID 9920726 DOI:10.1006/bbrc.1998.9876
Weir M.L., Xie H., Klip A., Trimble W.S. (2001). VAP-A binds promiscuously to both v- and tSNAREs. Biochem. Biophys. Res. Commun. 286: 616—621. PMID 11511104 DOI:10.1006/bbrc.2001.5437
Saita S., Shirane M., Natume T., Iemura S., Nakayama K.I. (2009). Promotion of neurite extension by protrudin requires its interaction with vesicle-associated membrane protein-associated protein. J. Biol. Chem. 284: 13766—13777. PMID 19289470 DOI:10.1074/jbc.M807938200
Matsuzaki F., Shirane M., Matsumoto M., Nakayama K.I. (2011). Protrudin serves as an adaptor molecule that connects KIF5 and its cargoes in vesicular transport during process formation. Mol. Biol. Cell. 22: 4602—4620. PMID 21976701 DOI:10.1091/mbc.E11-01-0068

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:12648 (англ.) . Процитовано 12 вересня 2017.
↑ UniProt, Q9P0L0 (англ.) . Архів оригіналу за 19 жовтня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.