VPS18

Ідентифікатори

Символи

VPS18, PEP3, CORVET/HOPS core subunit, VPS18 core subunit of CORVET and HOPS complexes

Зовнішні ІД

OMIM: 608551 MGI: 2443626 HomoloGene: 13302 GeneCards: VPS18

Онтологія гена
Молекулярна функція	• protein-macromolecule adaptor activity • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • actin binding • syntaxin binding
Клітинна компонента	• HOPS complex • AP-3 adaptor complex • ендосома • late endosome • мембрана • late endosome membrane • autophagosome • lysosomal membrane • early endosome • мікрофіламент • CORVET complex • лізосома • GO:0016023 cytoplasmic vesicle • clathrin-coated vesicle • presynapse • glutamatergic synapse
Біологічний процес	• endosome to lysosome transport • endosome organization • автофагія • protein transport • viral entry into host cell • intracellular protein transport • lysosome organization • vesicle-mediated transport • vesicle docking involved in exocytosis • regulation of SNARE complex assembly • GO:0015915 транспорт • regulation of synaptic vesicle exocytosis • vacuole organization
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


57617


228545

Ensembl


ENSG00000104142


ENSMUSG00000034216

UniProt


Q9P253


Q8R307

RefSeq (мРНК)


NM_020857


NM_172269

RefSeq (білок)


NP_065908 NP_065908.1


NP_758473

Локус (UCSC)

Хр. 15: 40.89 – 40.9 Mb

Хр. 2: 119.12 – 119.13 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

VPS18 (англ. VPS18, CORVET/HOPS core subunit) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 15-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 973 амінокислот, а молекулярна маса — 110 186^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MASILDEYEN	SLSRSAVLQP	GCPSVGIPHS	GYVNAQLEKE	VPIFTKQRID
FTPSERITSL	VVSSNQLCMS	LGKDTLLRID	LGKANEPNHV	ELGRKDDAKV
HKMFLDHTGS	HLLIALSSTE	VLYVNRNGQK	VRPLARWKGQ	LVESVGWNKA
LGTESSTGPI	LVGTAQGHIF	EAELSASEGG	LFGPAPDLYF	RPLYVLNEEG
GPAPVCSLEA	ERGPDGRSFV	IATTRQRLFQ	FIGRAAEGAE	AQGFSGLFAA
YTDHPPPFRE	FPSNLGYSEL	AFYTPKLRSA	PRAFAWMMGD	GVLYGALDCG
RPDSLLSEER	VWEYPEGVGP	GASPPLAIVL	TQFHFLLLLA	DRVEAVCTLT
GQVVLRDHFL	EKFGPLKHMV	KDSSTGQLWA	YTERAVFRYH	VQREARDVWR
TYLDMNRFDL	AKEYCRERPD	CLDTVLAREA	DFCFRQRRYL	ESARCYALTQ
SYFEEIALKF	LEARQEEALA	EFLQRKLASL	KPAERTQATL	LTTWLTELYL
SRLGALQGDP	EALTLYRETK	ECFRTFLSSP	RHKEWLFASR	ASIHELLASH
GDTEHMVYFA	VIMQDYERVV	AYHCQHEAYE	EALAVLARHR	DPQLFYKFSP
ILIRHIPRQL	VDAWIEMGSR	LDARQLIPAL	VNYSQGGEVQ	QVSQAIRYME
FCVNVLGETE	QAIHNYLLSL	YARGRPDSLL	AYLEQAGASP	HRVHYDLKYA
LRLCAEHGHH	RACVHVYKVL	ELYEEAVDLA	LQVDVDLAKQ	CADLPEEDEE
LRKKLWLKIA	RHVVQEEEDV	QTAMACLASC	PLLKIEDVLP	FFPDFVTIDH
FKEAICSSLK	AYNHHIQELQ	REMEEATASA	QRIRRDLQEL	RGRYGTVEPQ
DKCATCDFPL	LNRPFYLFLC	GHMFHADCLL	QAVRPGLPAY	KQARLEELQR
KLGAAPPPAK	GSARAKEAEG	GAATAGPSRE	QLKADLDELV	AAECVYCGEL
MIRSIDRPFI	DPQRYEEEQL	SWL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транспорт, транспорт білків, автофагія, ацетилювання. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у мембрані, цитоплазматичних везикулах, лізосомі, ендосомах.

Література

Nagase T., Kikuno R., Ishikawa K., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 143—150. PMID 10819331 DOI:10.1093/dnares/7.2.143
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Poteryaev D., Datta S., Ackema K., Zerial M., Spang A. (2010). Identification of the switch in early-to-late endosome transition. Cell. 141: 497—508. PMID 20434987 DOI:10.1016/j.cell.2010.03.011
Solinger J.A., Spang A. (2013). Tethering complexes in the endocytic pathway: CORVET and HOPS. FEBS J. 280: 2743—2757. PMID 23351085 DOI:10.1111/febs.12151
Wartosch L., Guenesdogan U., Graham S.C., Luzio J.P. (2015). Recruitment of VPS33A to HOPS by VPS16 Is Required for Lysosome Fusion with Endosomes and Autophagosomes. Traffic. 16: 727—742. PMID 25783203 DOI:10.1111/tra.12283

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:15972 (англ.) . Архів оригіналу за 23 липня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.
↑ UniProt, Q9P253 (англ.) . Архів оригіналу за 17 вересня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.