VPS39

Ідентифікатори

Символи

VPS39, TLP, VAM6, hVam6p, HOPS complex subunit, VPS39 subunit of HOPS complex

Зовнішні ІД

OMIM: 612188 MGI: 2443189 HomoloGene: 41025 GeneCards: VPS39

Реагує на сполуку

Viroporin 3a^[1]

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


23339


269338

Ensembl


ENSG00000166887


ENSMUSG00000027291

UniProt


Q96JC1


Q8R5L3

RefSeq (мРНК)


NM_001301138 NM_015289


NM_147153 NM_178851 NM_001363053 NM_001363054

RefSeq (білок)


NP_001288067 NP_056104


NP_671495 NP_849182 NP_001349982 NP_001349983

Локус (UCSC)

Хр. 15: 42.16 – 42.21 Mb

Хр. 2: 120.15 – 120.18 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

VPS39 (англ. VPS39, HOPS complex subunit) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 15-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 886 амінокислот, а молекулярна маса — 101 809^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MHDAFEPVPI	LEKLPLQIDC	LAAWEEWLLV	GTKQGHLLLY	RIRKDVVPAD
VASPESGSCN	RFEVTLEKSN	KNFSKKIQQI	HVVSQFKILV	SLLENNIYVH
DLLTFQQITT	VSKAKGASLF	TCDLQHTETG	EEVLRMCVAV	KKKLQLYFWK
DREFHELQGD	FSVPDVPKSM	AWCENSICVG	FKRDYYLIRV	DGKGSIKELF
PTGKQLEPLV	APLADGKVAV	GQDDLTVVLN	EEGICTQKCA	LNWTDIPVAM
EHQPPYIIAV	LPRYVEIRTF	EPRLLVQSIE	LQRPRFITSG	GSNIIYVASN
HFVWRLIPVP	MATQIQQLLQ	DKQFELALQL	AEMKDDSDSE	KQQQIHHIKN
LYAFNLFCQK	RFDESMQVFA	KLGTDPTHVM	GLYPDLLPTD	YRKQLQYPNP
LPVLSGAELE	KAHLALIDYL	TQKRSQLVKK	LNDSDHQSST	SPLMEGTPTI
KSKKKLLQII	DTTLLKCYLH	TNVALVAPLL	RLENNHCHIE	ESEHVLKKAH
KYSELIILYE	KKGLHEKALQ	VLVDQSKKAN	SPLKGHERTV	QYLQHLGTEN
LHLIFSYSVW	VLRDFPEDGL	KIFTEDLPEV	ESLPRDRVLG	FLIENFKGLA
IPYLEHIIHV	WEETGSRFHN	CLIQLYCEKV	QGLMKEYLLS	FPAGKTPVPA
GEEEGELGEY	RQKLLMFLEI	SSYYDPGRLI	CDFPFDGLLE	ERALLLGRMG
KHEQALFIYV	HILKDTRMAE	EYCHKHYDRN	KDGNKDVYLS	LLRMYLSPPS
IHCLGPIKLE	LLEPKANLQA	ALQVLELHHS	KLDTTKALNL	LPANTQINDI
RIFLEKVLEE	NAQKKRFNQV	LKNLLHAEFL	RVQEERILHQ	QVKCIITEEK
VCMVCKKKIG	NSAFARYPNG	VVVHYFCSKE	VNPADT

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах, як транспорт, транспорт білків, автофагія, альтернативний сплайсинг. Локалізований у цитоплазмі, мембрані, лізосомі, ендосомах.

Література

Caplan S., Hartnell L.M., Aguilar R.C., Naslavsky N., Bonifacino J.S. (2001). Human Vam6p promotes lysosome clustering and fusion in vivo. J. Cell Biol. 154: 109—122. PMID 11448994 DOI:10.1083/jcb.200102142
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Solinger J.A., Spang A. (2013). Tethering complexes in the endocytic pathway: CORVET and HOPS. FEBS J. 280: 2743—2757. PMID 23351085 DOI:10.1111/febs.12151
Pols M.S., ten Brink C., Gosavi P., Oorschot V., Klumperman J. (2013). The HOPS proteins hVps41 and hVps39 are required for homotypic and heterotypic late endosome fusion. Traffic. 14: 219—232. PMID 23167963 DOI:10.1111/tra.12027
Wartosch L., Guenesdogan U., Graham S.C., Luzio J.P. (2015). Recruitment of VPS33A to HOPS by VPS16 Is Required for Lysosome Fusion with Endosomes and Autophagosomes. Traffic. 16: 727—742. PMID 25783203 DOI:10.1111/tra.12283

Примітки

↑ Сполуки, які фізично взаємодіють з VPS39 subunit of HOPS complex переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:20593 (англ.) . Архів оригіналу за 10 вересня 2015. Процитовано 11 вересня 2017.
↑ UniProt, Q96JC1 (англ.) . Архів оригіналу за 26 вересня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.