嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Gamma變異株
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- Alpha (B.1.1.7)
- Beta (B.1.351)
- Gamma (P.1)
- Delta (B.1.617.2)
- BA.1 (B.1.1.529.1)
- BA.2 (B.1.1.529.2)
- BA.3 (B.1.1.529.3)
- BA.4 (B.1.1.529.4)
- BA.5 (B.1.1.529.5)
- 查
- 论
- 编
系列条目索引 |
2019冠状病毒病疫情 |
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嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型-Gamma變異株(英語:SARS-CoV-2 Gamma variant),別名P.1譜系(英語:Lineage P.1)[a] ,是嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型(SARS-CoV-2)的一種變異株,於2021年1月6日首次在日本東京發現[4][8]。依據世界衛生組織命名法,P.1譜系被命名為Gamma變異株,目前Gamma變異株被列為「高關注變異株」(VOC)[9]。
Gamma變異株一共有17種氨基酸變化,其中10種發生在刺突蛋白,包括了3種特別引起關注的突變: 「N501Y」、「E484K」和「K417T」[4][10]。
Gamma變異株和在巴西傳播的另一種變異株:Zeta變異株(P.2譜系)有顯著的差異,Zeta變異株只攜帶「E484K」突變,並無其他兩種突變:「N501Y」和「K417T」[11][10]。
歷史
2021年1月6日,日本國立感染症研究所從四位抵達東京的旅客中檢測出Gamma變異株,他們都曾去過巴西亞馬遜州[4][8]。Gamma變異株是造成2021年初2019冠狀病毒病病例在亞馬遜州首府瑪瑙斯快速增加的原因之一。
2021年1月12日,巴西-英國CADDE中心在瑪瑙斯確認13例P.1譜系病例[4]。在2020年3月至11月期間從瑪瑙斯收集的27份樣本中沒有發現P.1譜系,然而在2020年12月15日至23日期間從同城收集到的樣本中P.1譜系占42%(n=13/31),接著在2020年12月15日至31日期間收集的樣本中P.1譜系占52.2%(n=35/67),在2021年1月1日至9日期間收集的樣本中P.1譜系更達到了85.4%(n=41/48)。從2020年12月下旬到2021年1月9日期間,P.2譜系(Zeta變異株)迅速被P.1譜系取代,瑪瑙斯P.2譜系所占比重由25.4%急劇下降到6.3%[4][12]。
奧斯瓦爾多·克魯茲基金會研究人員對亞馬遜州250份基因組樣本進行了研究,他們發現相比B.1.1.28譜系和B.1.195譜系病例,P.1譜系感染可以產生大約10倍的病毒載量,傳播力為2.2倍。P.1譜系對於18歲到59歲人群和60歲以上的老年人群具有同等的傳播力,顯示P.1譜系更易在年輕人之間傳播,無性別差異[13]。
CADDE中心的研究顯示P.1譜系傳播力比以往的變異株高兩倍,而且可以避開大約32%的獲得性免疫(比如先前感染冠狀病毒),引發再次感染的可能性。P.1譜系的病死率比以往的變異株高1.5倍[14][15][16]。
病例統計
各國P.1譜系病例(截至2021年8月9日) GISAID[17] | ||
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國家或地區 | 病例數 | 日期 |
![]() | 23,373 | 2021年6月29日 |
![]() | 16,200 | 2021年6月13日 |
![]() | 8,070 | 2021年7月5日 |
![]() | 1,974 | 2021年7月1日 |
![]() | 2,278 | 2021年6月24日 |
![]() | 2,522 | 2021年6月13日 |
![]() | 957 | 2021年6月26日 |
![]() | 2,181 | 2021年6月29日 |
![]() | 566 | 2021年6月17日 |
![]() | 346 | 2021年6月1日 |
![]() | 806 | 2021年6月22日 |
![]() | 577 | 2021年6月23日 |
![]() | 255 | 2021年6月15日 |
![]() | 329 | 2021年5月12日 |
![]() | 318 | 2021年6月11日 |
![]() | 224 | 2021年6月23日 |
![]() | 190 | 2021年6月23日 |
![]() | 173 | 2021年4月15日 |
![]() | 187 | 2021年6月21日 |
![]() | 121 | 2021年6月20日 |
![]() | 118 | 2021年6月13日 |
![]() | 117 | 2021年5月25日 |
![]() | 141 | 2021年6月14日 |
![]() | 54 | 2021年5月4日 |
![]() | 63 | 2021年6月29日 |
![]() | 47 | 2021年5月20日 |
![]() | 2 | 2021年4月19日 |
![]() | 7 | 2021年5月23日 |
![]() | 1 | 2021年2月18日 |
![]() | 3 | 2021年5月22日 |
![]() | 1 | 2021年6月17日 |
![]() | 1 | 2021年1月12日 |
![]() | 1 | 2021年4月30日 |
![]() | 3 | 2021年1月18日 |
![]() | 2 | 2021年2月21日 |
![]() | 1 | 2021年6月9日 |
![]() | 69 | 2021年6月29日 |
![]() | 145 | 2021年7月21日 |
![]() | 88 | 2021年6月29日 |
![]() | 42 | 2021年6月14日 |
![]() | 38 | 2021年6月10日 |
![]() | 32 | 2021年6月22日 |
![]() | 29 | 2021年6月21日 |
![]() | 28 | 2021年6月18日 |
![]() | 24 | 2021年7月14日 |
![]() | 20 | 2021年6月22日 |
![]() | 19 | 2021年7月6日 |
![]() | 17 | 2021年6月2日 |
![]() | 17 | 2021年5月26日 |
![]() | 14 | 2021年6月24日 |
![]() | 12 | 2021年6月12日 |
![]() | 10 | 2021年7月3日 |
![]() | 9 | 2021年7月1日 |
![]() | 8 | 2021年4月25日 |
![]() | 8 | 2021年6月11日 |
![]() | 7 | 2021年6月4日 |
![]() | 7 | 2021年5月31日 |
![]() | 6 | 2021年6月29日 |
![]() | 6 | 2021年6月30日 |
![]() | 5 | 2021年4月28日 |
![]() | 4 | 2021年1月28日 |
![]() | 3 | 2021年5月12日 |
![]() | 3 | 2021年7月5日 |
![]() | 2 | 2021年4月17日 |
![]() | 1 | 2021年5月17日 |
![]() | 1 | 2021年3月22日 |
![]() | 1 | 2021年4月1日 |
![]() | 1 | 2021年4月5日 |
![]() | 1 | 2021年5月21日 |
![]() | 1 | 2021年5月14日 |
![]() | 1 | 2021年7月7日 |
世界(71國/地區) | 總數:63,769 | 截至2021年8月9日 |
變異
Gamma變異株包括兩個子變異株:「28-AM-1」和「28-AM-2」,它們都帶有「K417T」、「E484K」和「N501Y」突變。
Gamma變異株有10種刺突蛋白突變,包含了N501Y和E484K。
基因編號 | 氨基酸 |
---|---|
ORF1ab | synT733C |
synC2749T | |
S1188L | |
K1795Q | |
del11288-11296 (3675-3677 SGF) | |
synC12778T | |
synC13860T | |
E5665D | |
刺突蛋白 | L18F |
T20N | |
P26S | |
D138Y | |
R190S | |
K417T | |
E484K | |
N501Y | |
H 655Y | |
T1027I | |
ORF8 | E92K |
ins28269-28273 | |
N | P80R |
來源:Faria et al. (2021),圖 1.B |
參見
註釋
- ^ 其他名稱包括:
– 20J/501Y.V3
– 高關注變異株-202101/02(VOC-202101/02)[1]
– 巴西變種病毒(Brazilian variant、Brazil variant)[6][7][4]
参考文献
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外部連結
- PANGO lineages (页面存档备份,存于互联网档案馆)(英文)
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