FokI

Restriction endonuclease Fok1, C terminal
Fok1结合DNA的PDB图像:1fok[1]
鑑定
標誌Endonuc-Fok1_C
PfamPF09254(旧版)
Pfam宗系CL0415(旧版)
InterPro英语InterProIPR015334
SCOP英语Structural Classification of Proteins2fok / SUPFAM
現有可用的蛋白結構:
Pfam結構(旧版) / ECOD
PDBRCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum英语PDBsum結構概要

FokI是一種存在於細菌Flavobacterium okeanokoites的type IIS限制酶,含有位於N端的DNA結合區塊(N-terminal DNA-binding domain),以及一個位於C端的非專一性DNA切割區塊[2]。當此酵素與DNA辨識並結合於5'-GGATG-3'识别位点時,將會把位於結合位置下游的9到13個核苷酸切除(不需特定序列)[3]FokI的分子量為65.4 kDA,含有587個氨基酸

參考文獻

  1. ^ Aggarwal, A. K.; Wah, D. A.; Hirsch, J. A.; Dorner, L. F.; Schildkraut, I. Structure of the multimodular endonuclease Fok1 bound to DNA. Nature. 1997, 388 (6637): 97–100. PMID 9214510. doi:10.1038/40446. 
  2. ^ Durai S, Mani M, Kandavelou K, Wu J, Porteus M, Chandrasegaran S. Zinc finger nucleases: custom-designed molecular scissors for genome engineering of plant and mammalian cells. Nucleic Acids Res. 2005, 33 (18): 5978–90 [2007-07-20]. PMID 16251401. (原始内容存档于2007-05-10). 
  3. ^ Wah, D. A.; J. Bitinaite, Schildkraut, I., Aggarwal, A. K. Structure of FokI has implications for DNA cleavage. Proc Natl Acad Sci U S A. 1998, 95 (18): 10564–9.  引文使用过时参数coauthors (帮助)
基本概念识别序列为4bp
  • TaqI
  • Sau3A
  • AluI*
  • HaeIII*
  • DpnII
  • NlaIII
  • HpaII
识别序列为5bp
  • EcoRII
  • FokI
识别序列为6bp
  • AaaI
  • AvaI
  • BglII
  • PovII*
  • EcoRV*
  • EcoRI
  • BamHI
  • HindIII
  • XbaI
  • XhoI
  • SacI
  • PstI
  • NdeI
识别序列为8bp
  • NotI
列表
  • A
  • Ba–Bc
  • Bd–Bp
  • Bsa–Bso
  • Bsp–Bss
  • Bst–Bv
  • C-D
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  • S
  • T-Z
*表示切割产物为平末端