PyMOL
- 2.5.0 (2021年5月10日)[1]
- 2.5.5 (2023年3月27日;穩定版本)[2]
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- github
.com /schrodinger /pymol-open-source
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PyMOL是一个开放源码,由使用者贊助的分子三维结构显示软件。由Warren Lyford DeLano编写,並且由DeLano Scientific LLC將它商業化。DeLano Scientific LLC是一個私人的軟體公司,它致力於創造讓普遍的科學與教育社群都能取得的好用軟體工具。
PyMOL适用于创作高品質的小分子或是生物大分子(特别是蛋白質)的三维结构圖像。軟體的作者宣称,在所有正式发表的科學文獻中的蛋白質結構圖像中,有四分之一是使用PyMOL來製作。
PyMOL是少數可以用在結構生物学领域的开放源代码視覺化工具。
軟體以Py+MOL命名:“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出來的,“MOL”表示它是用于显示分子(英文为molecule)结构的软件。
商业化举措
自2006年8月1日起,DeLano Scientific對於事先編譯過的PyMOL執行程式(包括beta版)的取得採取限定下載的措施。 目前,完全无限制的可執行程序只有付費用戶可以取得。学生和教师可以通过一项声明来取得教育版PyMOL以用于教学和其它受限制的领域。用户还可以在一定时间内免费使用评估版本,以便于决定是否购买该软件。
PyMOL的源代碼目前仍可以免費下载,供使用者编译。對於Linux、Unix以及Mac OS X等操作系统,非付费用户可以通过自行编译源代碼来获得PyMOL執行程式;而对于Windows的使用者,如果不安装第三方软件,则无法编译源代碼。這表示使用Windows的用户取得新版PyMOL(PyMOL1.0及之后的版本)執行程式的方式就是成為付費會員,或者使用第三方软件(如Cygwin)进行编译[3]。
类似软件
- VMD
- Gabedit
- Molden
- Moleke
- Molecular modelling
- Jmol
- RasMol
- WHAT IF software
- Cn3D
参考文献
外部連結
- PyMOL主页(页面存档备份,存于互联网档案馆)
- PyMOL Wiki(页面存档备份,存于互联网档案馆)
- DeLano Scientific LLC(页面存档备份,存于互联网档案馆)
- Protein alignment program coupled with PyMOL(页面存档备份,存于互联网档案馆)
- Molecular movie-making with PyMOL
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