UPF1

UPF1
بنى متوفرة
بنك بيانات البروتينOrtholog search: PDBe RCSB
قائمة رموز معرفات بنك بيانات البروتين

2GJK, 2GK6, 2GK7, 2IYK, 2WJV, 2WJY, 2XZO, 2XZP

معرفات
أسماء بديلة UPF1, H, NORF1, RENT1, pNORF1, smg-2, RNA helicase and ATPase, RNA helicase and ATPase, UTF
معرفات خارجية الوراثة المندلية البشرية عبر الإنترنت 601430 MGI: MGI:107995 HomoloGene: 2185 GeneCards: 5976
علم الوجود الجيني
وظائف جزيئية

• nucleotide binding
• ربط دي إن إي
• telomeric DNA binding
• ربط أيون الزنك
• chromatin binding
• ربط أيون فلزي
• ‏GO:0001948، ‏GO:0016582 ربط بروتيني
• نشاط هيدرولاز
• ATP binding
• ‏GO:0008026 helicase activity
• RNA binding

مكونات خلوية

• عصارة خلوية
• أجسام P
• exon-exon junction complex
• supraspliceosomal complex
• بلازم نووي
• كروماتين
• سيتوبلازم
• نواة

عمليات حيوية

• regulation of translational termination
• telomere maintenance via semi-conservative replication
• positive regulation of mRNA catabolic process
• mRNA export from nucleus
• تنسخ الحمض النووي الريبي منقوص الأكسجين
• nuclear-transcribed mRNA catabolic process
• cellular response to interleukin-1
• nuclear-transcribed mRNA catabolic process, endonucleolytic cleavage-dependent decay
• histone mRNA catabolic process
• dosage compensation by inactivation of X chromosome
• cellular response to lipopolysaccharide
• 3'-UTR-mediated mRNA destabilization
• ‏GO:0100026 ترميم الدنا
• تفكك متوسط بلا معنى
• regulation of telomere maintenance
• cell cycle phase transition
• ‏GO:0022415 viral process

المصادر:Amigo / QuickGO
نمط التعبير عن الحمض النووي الريبوزي


المزيد من بيانات التعبير المرجعية
تماثلات متسلسلة
أنواع الإنسان الفأر
أنتريه 5976 19704
Ensembl ENSG00000005007 ENSMUSG00000058301
يونيبروت

Q92900
A0A024R7L8

Q9EPU0

RefSeq (رنا مرسال.)

‏NM_001297549، ‏XM_017027105، ‏XM_017027106، ‏XM_047439191 NM_002911، ‏NM_001297549، ‏XM_017027105، ‏XM_017027106، ‏XM_047439191

‏NM_030680، ‏XM_006509604، ‏XM_006509605 NM_001122829، ‏NM_030680، ‏XM_006509604، ‏XM_006509605

RefSeq (بروتين)

‏NP_002902، ‏XP_016882594، ‏XP_016882595 NP_001284478، ‏NP_002902، ‏XP_016882594، ‏XP_016882595
NP_001284478.1

‏NP_109605، ‏XP_006509667، ‏XP_006509668 NP_001116301، ‏NP_109605، ‏XP_006509667، ‏XP_006509668

الموقع (UCSC n/a Chr 8: 70.78 – 70.81 Mb
بحث ببمد [1] [2]
ويكي بيانات
اعرض/عدّل إنساناعرض/عدّل فأر

UPF1‏ (UPF1, RNA helicase and ATPase) هوَ بروتين يُشَفر بواسطة جين UPF1 في الإنسان.[1][2]

الوظيفة

هذا القسم فارغ أو غير مكتمل. ساهم في توسيعه. (يوليو 2018)

الأهمية السريرية

هذا القسم فارغ أو غير مكتمل. ساهم في توسيعه. (يوليو 2018)

المراجع

  1. ^ Applequist SE، Selg M، Raman C، Jack HM (مارس 1997). "Cloning and characterization of HUPF1, a human homolog of the Saccharomyces cerevisiae nonsense mRNA-reducing UPF1 protein". Nucleic Acids Res. ج. 25 ع. 4: 814–21. DOI:10.1093/nar/25.4.814. PMC:146496. PMID:9064659.
  2. ^ Perlick HA، Medghalchi SM، Spencer FA، Kendzior RJ Jr، Dietz HC (نوفمبر 1996). "Mammalian orthologues of a yeast regulator of nonsense transcript stability". Proc Natl Acad Sci U S A. ج. 93 ع. 20: 10928–32. DOI:10.1073/pnas.93.20.10928. PMC:38260. PMID:8855285.

قراءة متعمقة

  • Azzalin CM، Lingner J (2006). "The double life of UPF1 in RNA and DNA stability pathways". Cell Cycle. ج. 5 ع. 14: 1496–8. DOI:10.4161/cc.5.14.3093. PMID:16861888.
  • Horikoshi M، Sekimizu K، Natori S (1984). "Analysis of the stimulatory factor of RNA polymerase II in the initiation and elongation complex". J. Biol. Chem. ج. 259 ع. 1: 608–11. PMID:6200476.
  • Nagase T، Seki N، Ishikawa K، وآخرون (1997). "Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. VI. The coding sequences of 80 new genes (KIAA0201-KIAA0280) deduced by analysis of cDNA clones from cell line KG-1 and brain". DNA Res. ج. 3 ع. 5: 321–9, 341–54. DOI:10.1093/dnares/3.5.321. PMID:9039502.
  • Czaplinski K، Ruiz-Echevarria MJ، Paushkin SV، وآخرون (1998). "The surveillance complex interacts with the translation release factors to enhance termination and degrade aberrant mRNAs". Genes Dev. ج. 12 ع. 11: 1665–77. DOI:10.1101/gad.12.11.1665. PMC:316864. PMID:9620853.
  • Page MF، Carr B، Anders KR، وآخرون (1999). "SMG-2 Is a Phosphorylated Protein Required for mRNA Surveillance in Caenorhabditis elegans and Related to Upf1p of Yeast". Mol. Cell. Biol. ج. 19 ع. 9: 5943–51. PMC:84455. PMID:10454541.
  • Bhattacharya A، Czaplinski K، Trifillis P، وآخرون (2000). "Characterization of the biochemical properties of the human Upf1 gene product that is involved in nonsense-mediated mRNA decay". RNA. ج. 6 ع. 9: 1226–35. DOI:10.1017/S1355838200000546. PMC:1369996. PMID:10999600.
  • Mendell JT، Medghalchi SM، Lake RG، وآخرون (2000). "Novel Upf2p Orthologues Suggest a Functional Link between Translation Initiation and Nonsense Surveillance Complexes". Mol. Cell. Biol. ج. 20 ع. 23: 8944–57. DOI:10.1128/MCB.20.23.8944-8957.2000. PMC:86549. PMID:11073994.
  • Serin G، Gersappe A، Black JD، وآخرون (2001). "Identification and Characterization of Human Orthologues to Saccharomyces cerevisiae Upf2 Protein and Upf3 Protein (Caenorhabditis elegans SMG-4)". Mol. Cell. Biol. ج. 21 ع. 1: 209–23. DOI:10.1128/MCB.21.1.209-223.2001. PMC:88795. PMID:11113196.
  • Lykke-Andersen J، Shu MD، Steitz JA (2001). "Human Upf proteins target an mRNA for nonsense-mediated decay when bound downstream of a termination codon". Cell. ج. 103 ع. 7: 1121–31. DOI:10.1016/S0092-8674(00)00214-2. PMID:11163187.
  • Denning G، Jamieson L، Maquat LE، وآخرون (2001). "Cloning of a novel phosphatidylinositol kinase-related kinase: characterization of the human SMG-1 RNA surveillance protein". J. Biol. Chem. ج. 276 ع. 25: 22709–14. DOI:10.1074/jbc.C100144200. PMID:11331269.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة الاستشهاد: دوي مجاني غير معلم (link)
  • Yamashita A، Ohnishi T، Kashima I، وآخرون (2001). "Human SMG-1, a novel phosphatidylinositol 3-kinase-related protein kinase, associates with components of the mRNA surveillance complex and is involved in the regulation of nonsense-mediated mRNA decay". Genes Dev. ج. 15 ع. 17: 2215–28. DOI:10.1101/gad.913001. PMC:312771. PMID:11544179.
  • Lykke-Andersen J، Shu MD، Steitz JA (2001). "Communication of the position of exon-exon junctions to the mRNA surveillance machinery by the protein RNPS1". Science. ج. 293 ع. 5536: 1836–9. DOI:10.1126/science.1062786. PMID:11546874.
  • Carastro LM، Tan CK، Selg M، وآخرون (2002). "Identification of delta helicase as the bovine homolog of HUPF1: demonstration of an interaction with the third subunit of DNA polymerase delta". Nucleic Acids Res. ج. 30 ع. 10: 2232–43. DOI:10.1093/nar/30.10.2232. PMC:115286. PMID:12000843.
  • Mendell JT، ap Rhys CM، Dietz HC (2002). "Separable roles for rent1/hUpf1 in altered splicing and decay of nonsense transcripts". Science. ج. 298 ع. 5592: 419–22. DOI:10.1126/science.1074428. PMID:12228722.
  • Lykke-Andersen J (2003). "Identification of a Human Decapping Complex Associated with hUpf Proteins in Nonsense-Mediated Decay". Mol. Cell. Biol. ج. 22 ع. 23: 8114–21. DOI:10.1128/MCB.22.23.8114-8121.2002. PMC:134073. PMID:12417715.
  • Strausberg RL، Feingold EA، Grouse LH، وآخرون (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. ج. 99 ع. 26: 16899–903. DOI:10.1073/pnas.242603899. PMC:139241. PMID:12477932.
  • Chiu SY، Serin G، Ohara O، Maquat LE (2003). "Characterization of human Smg5/7a: A protein with similarities to Caenorhabditis elegans SMG5 and SMG7 that functions in the dephosphorylation of Upf1". RNA. ج. 9 ع. 1: 77–87. DOI:10.1261/rna.2137903. PMC:1370372. PMID:12554878.
  • Schell T، Köcher T، Wilm M، وآخرون (2003). "Complexes between the nonsense-mediated mRNA decay pathway factor human upf1 (up-frameshift protein 1) and essential nonsense-mediated mRNA decay factors in HeLa cells". Biochem. J. ج. 373 ع. Pt 3: 775–83. DOI:10.1042/BJ20021920. PMC:1223536. PMID:12723973.
معرفات كيميائية
  • ع
  • ن
  • ت
جينات الكروموسوم 19
جينات الكروموسوم 19
  • أيقونة بوابةبوابة علم الأحياء الخلوي والجزيئي
  • أيقونة بوابةبوابة طب
  • أيقونة بوابةبوابة الكيمياء الحيوية
أيقونة بذرة

هذه بذرة مقالة عن بروتين بحاجة للتوسيع. فضلًا شارك في تحريرها.

التصنيفات الطبية
المعرفات الخارجية